В юго-западном углу находились гробницы сыновей князя Бориса Волоцкого – Ивана (ум. в 1503 г.) и Фёдора (ум. в 1513 г.). Также в соборе были погребены Новгородский архиепископ Феодосий (ум. в 1563 г.), Казанский архиепископ Иеремия (ум. в 1581 г.), Суздальский архиепископ Стефан (ум. в 1679 г.), князь Пётр Васильевич Звенигородский с сыновьями Григорием и Иваном. В «старом» приделе собора была усыпальница князей Голениных (отрасли князей Сретенской половины Ростова; все четыре похороненных здесь князя умерли в иночестве) и Хованских (восемь погребений). Позднее здесь появились усыпальницы детей боярских Мижуевых (пять погребений), волоцких землевладельцев Лыковых, Клушиных, Языковых. «Новый» придел, по мнению Сергея Заремовича Чернова, задумывался как «гробница монахов Иосифова монастыря. Развитием этой традиции стало погребение монахов, вышедших из монастыря и возведённых в сан епископов и архиепископов». Так, в «новом» приделе были захоронения: «у гробницы Иосифовы» – старца Кассиана Босого (ум. в 1532 г.), крестного отца царя Ивана Грозного; «в (северо-западном) углу по ряду» – епископов Сарских и Подонских Саввы Чёрного (ум. в 1554 г.), ученика Иосифа, и Нифонта (Кормилицына; ум. в 1558 г.), племянника Иосифа; архиепископа Казанского Лаврентия (ум. в 1574 г.) и др. Захоронения «нового» придела сильно пострадали при закладке фундаментов нового собора в 1688 г., в связи с чем погребённые здесь архиереи были перезахоронены в специально устроенные склепы в северном углу нового собора. В этом приделе также хоронили князей Оболенских (четыре захоронения) и Кутузовых (два погребения). За «старым» приделом находилась родовая усыпальница богатых вотчинников Есиповых, вассалов князей Холмских. У апсид собора были погребены бояре и вольные слуги Московских великих князей Полевы, Ржевские, Толбузины, служилые люди князя Владимира Андреевича Боровского Хилиновы, Коуровы, Челищевы, а также волоцкие землевладельцы некняжеского происхождения Еропкины, Ступишины. Родовая усыпальница волоцких служилых людей Мечёвых находилась «близ церкви под колоколами». «Среди монастыря подле дорожку» были доски каменные над погребениями Малюты Скуратова, его отца Лукьяна (инока Леонида) и сына Максима. До 1920 гг. на территории некрополя сохранялись надгробия над захоронениями дворян конца ХVII – начала ХХ вв. Здесь были погребены владельцы окрестных усадеб и члены их семей, в том числе действительный статский советник Иосиф Иванович Безобразов (ум. в 1780 г.), первая жена генерала Николая Николаевича Муравьёва-Карского Софья Федоровна (урождённая Ахвердова; ум. в 1830 г.), дочь его брата, декабриста Александра Николаевича Муравьёва, Софья (ум. в 1851 г.), Наталья Ивановна Гончарова (ум. в 1848 г.), тёща Александра Сергеевича Пушкина, и др. В монастыре рядом с историческим некрополем сохранилось несколько погребений солдат, умерших в госпитале.