Позднее от угла южной паперти вновь выстроенного Успенского собора к северному порталу был устроен арочный переход, разобранный в 1785 г. В 1780 г. в бывшей келарской, где в то время находились братские хлебная и пирожная, на средства артиллерийского капитана Николая Арцыбашева был устроен ориентированный на север придел великомученицы Варвары. В 1806 г. на средства графини Авдотьи Ивановны Чернышёвой трапезная палата была обращена в храм: церковь Богоявления переориентирована на восток; устроен дополнительный придел – во имя Сергия Радонежского, освящённый Московским митрополитом Платоном (Левшиным). Восточная стена трапезной палаты превратилась в общую алтарную преграду храма и придела. Тогда же были сделаны две лестницы с западной стороны (Российский государственный архив древних актов). В 1827 г. была пристроена западная паперть с жилыми помещениями внизу. На нижнем этаже разместились братская трапеза, хлебня и кухня. Паперть первоначально была выстроена на уровне высоты подклета, в 1853 г. её надстроили на высоту западного фасада и разместили в ней ризницу. Основной вход в церковь был сделан с юго-западного угла в виде палатки с шатриком. Тогда же в трапезной был положен пол из чугунных орнаментированных плит и поставлен новый золочёный трёхъярусный иконостас. В 1904 г. стены и своды были покрыты клеевой живописью по эскизам архитектора А.В. Кузнецова. В 1920 гг. росписи были забелены, в 1950 гг. частично сбиты. Надвратная церковь апостолов Петра и Павла (1679 г.) занимает второй ярус св. ворот; предшествующая надвратная церковь была посвящена Сретению Владимирской иконы Божьей Матери. Она поставлена по оси широкого проезда, алтарь расположен по оси бокового входа. Двусветный четверик храма почти квадратный в плане, бесстолпный, перекрыт сомкнутым сводом. Снаружи он украшен двухъярусной горкой кокошников, увенчанной декоративным пятиглавием, – такое завершение вскоре было повторено в трапезной церкви Богоявления. Алтарь занимает единое, прямоугольное в плане пространство, открывающееся в храм тремя проёмами, четырёхъярусный иконостас не сохранился. Снаружи алтарь имеет лишь две ложные полуциркульные апсиды; на месте, где должна располагаться правая апсида, к алтарю примыкает стена. Входы в храм расположены в каждой из стен четверика и ведут в окружающую его с трёх сторон открытую галерею, соединённую переходом с настоятельским корпусом. Декор храма типичен для московской архитектуры «дивного узорочья». Входы в храм с запада и севера оформлены белокаменными резными порталами. Единственное окно западного фасада имеет сильно декорированный наличник, разделяющий апсиды столбик – как и столбы ворот – покрыт изразцами.