На иконе из семинарской церкви Кирилла Белозерского в Вологде (начало ХIХ в., Вологодский музей-заповедник) Иннокентий также показан в земном поклоне (вместе с преподобными Сергием Нуромским и Арсением Комельским), в тёмно-вишнёвой мантии и красной рясе, куколь и параман синие. На иконе XVIII в. «Явление Богородицы и святителя Николая пономарю Юрышу, с русскими чудотворцами» из церкви Преображения на Болоте Вологды (Вологодский музей-заповедник) Иннокентий показан коленопреклонённым справа в нижнем ряду предстоящих. В иконостасе вологодской церкви Кипрского епископа Лазаря между северными и царскими вратами есть писанная маслом икона начала ХХ в. – на золотом фоне изображена Богоматерь с Младенцем и предстоящие Корнилий Комельский и Иннокентий. В составе Собора русских святых изображение Иннокентия встречается на иконе из старообрядческой моленной на Волковом кладбище в Санкт-Петербурге (первая половина XIX в., музей истории религий) – второй слева в первом ряду левой группы святых, с надписью на нимбе «Iнокентiи Вол(ог)одск». Иннокентий представлен в ряду подвижников XVI в. в росписи галереи, ведущей в пещерную церковь Иова Почаевского в Почаевской Успенской лавре (живопись конца 1860 – 1870 гг. работы иеродиаконов Паисия и Анатолия, поновлена в 1970 гг.), а также на иконе «Все святые, в земле Русской просиявшие» работы монахини Иулиании (Соколовой) 1934 г. (келейный образ Ковровского епископа Афанасия, ризница Троице-Сергиевой лавры) и на её авторских и современных повторениях – вторым слева во втором ряду группы Вологодских чудотворцев. Иннокентий в рост, с чётками в руках изображён на рисунке для Миней Московского патриархата протоиереем Вячеславом Савиных и Натальей Дмитриевной Шелягиной в конце 1970 – начале 1980 гг. Иннокентий изображён слева среди Вологодских святых на поле иконы Божьей Матери «Вологодская» (около 2002 г.) работы Антона Михайловича Зубова из иконостаса придела Кирилла Новоезерского церкви князя Александра Невского в Вологде. В среднике – поясное изображение Богоматери с Младенцем на левой руке, над Ней – образ благословляющего Спасителя с раскрытым Евангелием. По периметру расположены поясные образы угодников, прославившихся на Вологодской земле. Образ Иннокентия в молении (с волосами до плеч и клинообразной бородой) соседствует со святыми, которые изображались в сонме Вологодских, Новгородских и Белозерских чудотворцев. Существуют современные иконы, на которых Иннокентий представлен прямолично в рост с благословляющей десницей.