Во второй редакции Жития Иннокентия уточнена дата набега казанских татар, разоривших монастырь, – 1538 г. Источником этих сведений исследователи называют Житие Павла Обнорского (редакция Жития с 26 чудесами). Согласно Житию Иннокентия, он принадлежал к княжескому роду Охлябининых. Этот род происходил от ярославских князей Ухорских. Второй сын Василия Даниловича Ухорского, Фёдор Охлябина, стал родоначальником Охлябининых, а младший, Михаил, – родоначальником Хворостининых, упоминаемых в Житии Иннокентия как «свойственников» святого. Из сыновей Фёдора Охлябины в древнейших редакциях родословных книг названы Пётр и Василий. В разрядной книге под 1515 г. единственный раз упоминается Иван Фёдорович Охлябинин, который традиционно отождествляется с Иннокентием. Однако против этого отождествления у исследователей есть ряд возражений. Так, Владимир Борисович Кобрин подвергает сомнению достоверность упоминания, считая его позднейшей вставкой. Впрочем, даже если признать запись аутентичной, то к 1515 г. Иннокентия, по мнению исследователей, давно уже не было в живых, поскольку он, по их мнению, скончался в 1499 г. Если предположить, что он умер в 1521 г. (как указано в некоторых месяцесловах), то к 1515 г. Иннокентий был уже монахом и не мог находиться на государственной службе. Петра и Василия Охлябининых с Иннокентием исследователи отождествить также не могут, поскольку Пётр в последний раз упоминается в источниках под 1538 г., Василий – под 1550/1551 г. В заметке «О житии преподобнаго Нила Сорского» 1784 г., происходящей из Ниловой Сорской пустыни, сообщается, что Иннокентий предпринял путешествия в Константинополь, Палестину и на Афон, сопровождая своего учителя Институт русской литературы (Пушкинский Дом). Эта информация позволяет исследователям предположить, что Иннокентий, как и Нил Сорский, был пострижеником Кириллова Белозерского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря. Паломничество состоялось между 1475 и 1489 гг. После возвращения Иннокентий поселился вместе с Нилом Сорским в скиту на реке Соре (Сорке), в 15 верстах от Кириллова Белозерского монастыря. Рассказ Жития Иннокентия противоречит заметке «О житии преподобнаго Нила Сорскаго». Как отмечал В.О. Ключевский, автор Жития Иннокентия не упоминает о знакомстве Иннокентия с Нилом Сорским до основания им скита, ничего не пишет о путешествиях Иннокентия с учителем на Восток. Учитывая, что у насельников Сорской пустыни не было причин придумывать рассказ об особой роли Иннокентия в основании их обители, более достоверными исследователям представляются сведения из заметки «О житии преподобнаго Нила Сорскаго». Через некоторое время Иннокентий покинул Сорский скит и основал свой монастырь на берегу реки Еды в верховьях реки Нурмы, примерно в 50 км к юго-востоку от Вологды.