В Житии Иннокентия сообщается о написании первого образа святого сразу после его преставления: «Такоже и образ подобия его братия написаша, хороня его» (Российская национальная библиотека, начало 1530 гг.). В раннем списке Жития приводятся сведения о внешнем облике Иннокентия: «Преподобный отец Инокентий пишется: всем подобен, лицем и брадою, аки Варлаам, Хутынский чюдотворец. Риза преподобническая» (Российская национальная библиотека). По мнению исследователей, этот вариант Жития не был известен составителям его более поздних списков и иконописных подлинников. Так, в подлинниках последней трети XVII в. – 1830 гг. облик Иннокентия уподобляется внешности Власия Севастийского: «Сед, брада уже Власиевы, покороче» (Российская национальная библиотека); «Аки Власий, седина вчерне» (Институт русской литературы); «Подобием седина вчерне, брада аки Власиева, покороче и не раздвоилась, ризы преподобническия»; «Брада короче Власиевы, не раздвоилась, вчерне седина, ризы преподобническия» (Библиотека Академии Наук). Согласно позднему жизнеописанию, «по наружному виду пр. Иннокентий был среднего роста и имел не раздвоившуюся с легкою сединою бороду». В описи имущества Иннокентиева Комельского монастыря 1701 г. отмечено, что в церкви Преображения Господня «по левую сторону северных дверей» находился написанный на золоте образ Иннокентия (Российский государственный архив древних актов). Другая икона помещалась в часовне над ракой святого: «Над гробницей образ преподобнаго Инокентия писан на золоте. Венец, и гривна, и по полям оклад золочен, серебряное» (Российский государственный архив древних актов). В монастырской описи 1723 г. приводятся сведения об иконе Иннокентия в церкви Благовещения Пресвятой Богородицы, заменившей часовню на месте погребения святого: «Над гробом преподобного чудотворца Инокентия образ его, венец, и цата, и по полям оклад серебряное, чеканное. Покров на том образе бархат чёрной травчатой, ветхий» (Государственный архив Вологодской области). Поясной образ Иннокентия XVII – XVIII вв. в позолоченном окладе XIX в. находится в алтаре придела Николая Чудотворца церкви Воздвижения Креста Господня в городе Грязовце. Правая рука святого в жесте благословения, в левой – раскрытый свиток с текстом. По сведениям жителей деревни Большая Дворища Грязовецкого района Вологодской области, эта икона была перенесена в Грязовец из Благовещенской церкви Иннокентиева Комельского монастыря, но достоверных данных о её происхождении нет. Иннокентий представлен на двух миниатюрах из сборника житий Вологодских святых конца XVII – начала XVIII вв. (Отдел рукописей Исторического музея). В первой композиции он изображён коленопреклонённым перед Нилом Сорским в стенах Ниловой Сорской пустыни, во второй – стоящим внутри ограды основанного им монастыря (с деревянной шатровой церковью и колокольней) на берегу реки Еды.