Как следует из заметки «О житии преподобнаго Нила Сорскаго», Нил Сорский при жизни благословил своего ученика на основание общежительного монастыря: «...Твоя обитель имать быти обща, а моя пустыня как при моем животе, так и по смерти моей будет – по едину бо брату имут житии в келиях своих». По мнению исследователей, скорее всего, приведённый текст фиксирует не реальный диалог, а отражает различие между обителями, возникшее уже после преставления Иннокентия. В «Завете» Иннокентия неоднократно повторяется требование следовать «написанию господина и учителя моего старца Нила», а фрагмент «Завета», в котором содержатся правила монастырской жизни, восходит к рукописному наследию Нила Сорского. Как следует из «Завета» Иннокентия, незадолго до кончины святого в монастыре не было храма. Иннокентий завещал построить церковь во имя «Иоанна Предтечи, крестителя Господня, третие обретение честныа его главы, еже есть маия 25». Вопрос о времени преставления Иннокентия остаётся невыясненным. Обе редакции Жития называют один и тот же день смерти преподобного: «...Месяца марта в 19 день, на память святых мученик Хрисанфа и Дарьи». Однако год кончины указан по-разному. В первой редакции это «лето 6999 (1491)» г., во второй редакции – «лето 6909 (1401)» г. По мнению исследователей, скорее всего, во второй редакции при переписывании в дате была утрачена буква, обозначающая число 90. Эта ошибка нашла отражение в рукописной традиции, связанной с Нилом Сорским. В заметке «От предисловия на книгу блаженнаго Нила Сорскаго» XVIII в. говорится, что преподобный Нил и Иннокентий вернулись «от Палестинских стран, из Афонския горы при животе преподобнаго Кирила, Белоезерскаго чудотворца». Ошибку исследователи готовы признать закономерной, если автор заметки был знаком со второй редакцией Жития Иннокентия: «скончавшийся» в 1401 г. Иннокентий вполне мог встретиться с Кириллом Белозерским (1337–1427 гг.). Священник Иоанн Верюжский впервые отметил несоответствие даты 1491 г. (известной ему из рукописных святцев) второй редакции Жития Иннокентия, согласно которой Иннокентий ушёл из Сорской пустыни после смерти преподобного Нила (ум. в 1508 г.). Это заставило Иоанна Верюжского считать более верной дату, указанную в Отенских святцах, – 19 марта 7029 (1521) г. (Российский государственный архив древних актов). После издания книги Иоанна Верюжского дата 1521 г. прочно вошла в литературу. Однако исследователи готовы признать её менее достоверной, нежели 1491 г., поскольку, если бы Иннокентий пережил Нила Сорского и дожил до 1521 г., вряд ли в его обители в течение столь долгого времени не было бы церкви. Почитание Иннокентия началось вскоре после его преставления.