К 1538 г. в монастыре уже был образ Иннокентия, а также Житие или подготовленные для его написания черновые записи (Российская национальная библиотека). В писцовой книге 1627–1632 гг. впервые упоминается часовня, где почивают мощи Иннокентия (Российский государственный архив древних актов). Наиболее ранний список Жития (Российская национальная библиотека) относится к началу 1630 гг. Учитывая эти факты, исследователи предполагают считать, что местная канонизация Иннокентия состоялась не позже первой трети XVII в. С XVII в. известны тропарь и кондак Иннокентию, автор которых обращается к преподобному со словами: «...Жестокое житие показал еси». Память Иннокентия под 19 марта указана в «Описании о российских святых» (списки конца XVII–XIX вв.), в «Алфавите» старообрядческого монаха Ионы Керженского 1807–1811 гг. (Ярославский музей-заповедник). В 1701 г. в Преображенской церкви Комельского монастыря «по левую сторону северных дверей» был образ «преподобнаго чюдотворца Иннокентия, писан на золоте». Над могилой Иннокентия стояла часовня «с подволокою и с папертью». Над гробницей находился образ святого (Российский государственный архив древних актов). К 1723 г. на месте часовни построили церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы (Государственный архив Вологодской области). В 1764 г. обитель была закрыта, Преображенская церковь обращена в приходскую. В настоящее время на месте монастыря находится кладбище. Канонизация святого подтверждена включением его имени в Собор Вологодских святых (установлен в 1841 г.), в Собор Новгородских святых (известен начиная с 1831 г., празднование добавлено в 1981 г.) и в Собор Афонских преподобных (установлен в 2000 гг.). Иннокентий является автором «Завета». Гелиан Михайлович Прохоров высказал предположение, что святой составил тропарь, кондак и икос Нилу Сорскому. Н.П. Попов считал Иннокентия автором «Надсловия» и «Пристежения» к «Преданию» и «Уставу» Нила Сорского, такой же точки зрения придерживается Г.М. Прохоров, приписывающий Иннокентию ещё и сочинение «О внутреннем делании». Однако рукописи названных сочинений XVI–XVII вв. исследователям неизвестны. Предположения Н.П. Попова опроверг Д. Ракканелло, проанализировавший румынские списки текстов. Согласно устойчивой историографической традиции, автором этих сочинений является схимонах Василий Поляномерульский. Иннокентий много времени посвятил переписке книг, о чём свидетельствует его записка «Яко добро есть писати святыя книгы». Г.М. Прохоров предпринял попытку выявить автографы Иннокентия и атрибутировал ему рукописи Российской национальной библиотеки. Однако эту гипотезу исследователи не могут признать удачной: обе рукописи относятся ко второй половине XVI в., между тем источники не оставляют сомнений, что к этому времени Иннокентия не было в живых (в 1536 г. строителем Иннокентиева Комельского монастыря был Варлаам).