Он не имел возможности отредактировать свой текст, и, таким образом, он дошёл в «получерновом» варианте. При определении хронологии Иоанн Эфесский использует «эру Александра» (селевкидскую), однако часто указывает только промежутки времени между событиями. Композиционное распределение материала также не основано на каких-либо последовательных принципах, одним из которых (например, для Евагрия Схоластика) является религиозная политика императоров. Иоанн Эфесский был современником и участником многих описываемых в третьей части событий, и это делает «Церковную историю» ценнейшим источником по истории Византии в правление Юстина II и Тиверия I. «Церковная история» Иоанна Эфесского (наряду с сочинением Захарии Ритора) – памятник, созданный противником утвердившегося в Византии халкидонитского христианства, в котором даётся обзор событий в ином ракурсе, нежели в трудах православных церковных историков VI в. Феодора Чтеца и Евагрия Схоластика. Сборник «Жития восточных святых» в сирийской традиции имеет название «Книга историй о жизни восточных подвижников, которую составил и написал в божественной ревности странник Иоанн, бывший монахом общины Мар Иоанна, что в Амиде». Текст был написан во второй половине 560 гг. в Константинополе, т.е. до того как Иоанн Эфесский закончил работу над первой и второй частью «Церковной истории». Сборник состоит из 58 «историй», большинство которых – Жития святых Церкви Востока, сторонников монофизитства, со многими автор был знаком лично. Несколько «историй» посвящено жизни общин: преследуемых монахов из Амиды, монофизитов, получивших благодаря императрице Феодоре приют во дворце Гормизда в Константинополе. Среди героев Иоанна Эфесского – восточные монахи-подвижники (столпник Марон), знаменитые исповедники времён гонения Юстина I (епископ Телльский Иоанн бар Курсус), выдающиеся деятели антихалкидонитского движения (Иоанн Египетский, епископ Гефестопольский, Иаков Барадей). Сборник написан в агиографическом жанре, однако рассказы Иоанна Эфесского в отличие от других Житий святых имеют ряд особенностей. В тех случаях, когда у автора нет сведений о том или ином периоде жизни героя, описание остаётся незавершённым. Жизнеописание Иоанна Гефестопольского представляет собой рассказ о встрече с Иоанном Эфесским с отступлением о жизни героя до описываемой встречи. Некоторые рассказы Иоанн Эфесский писал при жизни их героев (например, Иакова Барадея), и поэтому они также остаются незавершёнными. География Житий не ограничивается Сирией и Месопотамией, герои посещают Египет, Малую Азию и Константинополь. Как «Церковной истории», так и «Житиям восточных святых» свойственна автобиографичность; для «Житий» больше, чем для «Церковной истории» характерны отступления с описанием повседневной жизни и быта Константинополя, других городов, деревень и монастырей Сирии.