Несмотря на высокое положение Иоанна Эфесского при дворе Юстиниана и его преемников, он, скорее, был ближе к людям из «малого стада истинной Церкви» и так же, как они, неоднократно подвергался гонениям. Представления Иоанна Эфесского о диофизитстве халкидонитов самые общие: они разделяют Христа надвое и тем самым вводят «Четверицу» вместо Троицы. Иоанн Эфесский не углубляется в богословские тонкости диофизитства, для него очевидно, что Халкидонский собор и Томос папы Римского Льва I Великого содержат новую ересь на основе ереси Нестория. Иоанн Эфесский склонен приписывать возникновение этого лжеучения проискам дьявола. Ими же он объясняет и раздоры среди монофизитов в 560 гг. Борьбу с язычеством Иоанн Эфесский также рассматривает как борьбу с дьяволом, и в этом отношении логично, что он одобряет подобные инициативы императора, которого, по его мнению, нельзя в полной мере считать православным. Впрочем, миссия Иоанна Эфесского в Малой Азии не только была императорской инициативой, но и вполне соответствовала стремлениям самого Иоанна Эфесского, который хорошо отзывался о миссии епископа Нубии Лонгина. Образы императоров, созданные Иоанном Эфесским, мало чем отличаются от описаний других историков, в том числе халкидонитских. Юстин II представлен как слабый и больной человек. Он предоставил полную свободу действий настоящему тирану патриарху Иоанну III Схоластику и находился под его влиянием. Тиверий II предоставил такую же свободу патриарху Евтихию, однако, будучи занят государственными делами, он не обратил внимания на положение притесняемых монофизитов. Более противоречив для Иоанна Эфесского Юстиниан I Великий: как церковный политик он открыто поддерживал халкидонитов, как христианский государь – искоренял язычество, в том числе в высших кругах столичной знати. Он же посещал в столице монахов-монофизитов, советовался с ними и после смерти императрицы Феодоры продолжал оказывать им материальную поддержку. Только один исторический деятель, императрица Феодора, описана положительно: для Иоанна Эфесского важно, что она покровительствовала гонимым монофизитам, дала им приют в столице и поддерживала их материально, хотя и не могла изменить религиозную политику своего супруга.