По мнению исследователя, основной мотив Мученичества – протест против незаконных притязаний светской власти на имущество церкви и граждан. К. Лейзер полагает, что в римской агиографии получили отражение процессы, происходившие в Риме в V–VI вв.: отчуждение земельной собственности фиска в пользу церковных учреждений и частных лиц, ослабление контроля государства над соблюдением городского законодательства, например, запрета на погребение внутри стен города. Исследователь приводит в качестве примера «титул Бибианы» и «титул Евсевия», построенные на территории бывшего дворца императора Константина на холме Эсквилин, вокруг которых в V в. появились кладбища. По мнению К. Лейзера, конфликт между интересами фиска, церковных учреждений и частных лиц мог обостриться в VI в., когда император Юстиниан I восстановил контроль над Римом, и особенно в 535–536 гг. при папе Римском Агапите I. Согласно «Liber Pontificalis», папа Агапит I был сыном Гордиана, пресвитера «титула Паммахия», и в молодости служил в этой церкви клириком. В родительском доме, расположенном близ храма, понтифик устроил библиотеку. Впоследствии усадьба перешла папе Римскому Григорию I Великому, который основал здесь монастырь св. Андрея (ныне церковь Сан-Грегорио Маньо аль Челио). По предположению К. Лейзера, к концу VI в. Мученичество Иоанна и Павла приобрело популярность в монашеских кругах Лация и Кампании, где оно рассматривалось как пример мужества и твёрдости духа в условиях войн и варварских вторжений. В русле этой гипотезы исследователь рассматривает состав древнейшей рукописи из Корби, где наряду с текстом Мученичества содержатся произведения аскетического содержания. В Средние века агиографическая традиция Иоанна и Павла продолжала развиваться. В IX в. был выполнен греческий перевод первой версии Мученичества, по мнению Ф. Алькена предназначенный для греческой диаспоры в Риме. Во второй половине X в. эта же версия легла в основу драмы Гросвиты (Хротсвиты) Гандерсхаймской «Галликан» («Обращение военачальника Галликана»). Драма разделена на две части. В первой части рассказывается история чудесного обращения Галликана. Гросвита в целом близко следует изложению Мученичества, за исключением деталей диалогов, однако вводит двух новых персонажей – вождя «скифов» Брадана и равноапостольную Елену, мать императора Константина I Великого. Во вторую часть драмы, о гибели Иоанна и Павла, Гросвита вставила диалог между Теренцианом, скорбящим о безумном сыне, и христианами, которые убеждают его покаяться в содеянном и обратиться с молитвой к мученикам. В ходе раскопок, которые велись с 1887 г. монахом Джермано ди Сан-Станислао под церковью мучеников Иоанна и Павла, выяснилось, что церковь построена на остатках инсулы (жилого комплекса), располагавшейся на западном склоне холма Целий.