Ночью воины отсекли им головы и похоронили тела в доме. Они распространили слух, будто бы Юлиан подверг Иоанна и Павла изгнанию. После восшествия на престол христианина императора Иовиана в доме Иоанна и Павла начали совершаться чудесные исцеления. Узнав об этом, начальник стражи Теренциан, сын которого был одержим бесом, раскаялся в содеянном, рассказал о мученической кончине святых и принял крещение, после чего его сын исцелился. Вторая версия Мученичества, вероятно, была создана на основе текста первой версии, из которой изъяли все упоминания о Галликане и сведения о жизни Иоанна и Павла до восшествия на престол императора Юлиана, в оставшуюся часть повествования внесли дополнения. После кончины императора Константина I Великого и его дочери Констанции к власти пришёл император Констанций II, который назначил цезарем «сквернейшего Юлиана». Описание диалога между Юлианом и святыми и их отказа служить императору заимствованы из первой версии. Готовясь принять мученическую смерть, Иоанн и Павел призвали пресвитера Криспа, клирика Криспиниана и «почтенную женщину» Бенедикту, рассказали о беседе с Юлианом и причастились. После того как дом Иоанна и Павла был окружён стражей, Крисп, Криспиниан и Бенедикта поспешили вернуться, чтобы утешить и укрепить мучеников, однако были задержаны воинами. После тайной казни Иоанна и Павла они молились о том, чтобы узнать об их судьбе, и им был открыт мученический подвиг святых. Возможно, Крисп, Криспиниан и Бенедикта рассказали обо всём людям (в тексте Мученичества об этом не сказано), т.к. разгневанный Юлиан велел отрубить им головы. Пресвитеры Иоанн и Пимений, а также бывший римский префект Флавиан тайно забрали их тела и похоронили в доме Иоанна и Павла. Согласно второй версии Мученичества, раскаяние Теренциана произошло ещё при жизни Юлиана, который, узнав об этом, велел казнить воина и его сына, исцелившегося в доме мучеников (их тоже похоронили рядом со святыми). Взойдя на престол, император Иовиан поручил сенатору Византу найти останки Иоанна и Павла. Визант и его сын Паммахий обнаружили могилу святых и по совету Иовиана устроили в их доме церковь, где стали совершаться чудеса. Уже болландисты указывали на то, что в Мученичестве содержатся недостоверные сведения, например, о пребывании в Риме императора Юлиана, который в годы правления не посещал город. Признав содержание Мученичества недостоверным, А. Дюфурк, тем не менее, попытался определить историческую основу сказания об Иоанне и Павле. По мнению исследователя, Мученичество было составлено в начале VI в. на основе преданий, в которых гибель Иоанна и Павла была отнесена к эпохе Юлиана.