За отсутствием объекта преследования, а также под воздействием идей Просвещения инквизиционная деятельность в Португалии стала сокращаться. Последнее аутодафе прошло в 1765 г., а в 1821 г. португальская инквизиция была упразднена. В 1542 г. в рамках реорганизации и централизации институтов Римско-католической церкви папа Римский Павел III буллой «Licet ab inicio» создал римскую инквизицию. В 1588 г. её статус был поднят до ранга Конгрегации римской и вселенской инквизиции (Congregatio Romanae et universalis Inquisitionis). Конгрегация состояла из шести кардиналов, главный из которых носил титул великого инквизитора, и подчинялась непосредственно Римскому папе как префекту Конгрегации. При папах Римских Павле IV (бывший кардинал-инквизитор Джованни Пьетро Караффа), Пии IV, Пии V и Сиксте V состав Конгрегации был расширен (до 8, затем до 13 кардиналов; в XVIII в. было решено, что численный состав членов Конгрегации будет зависеть от решений папы) и более чётко определены её полномочия. Конгрегация инквизиции получила неограниченную юрисдикцию в делах веры над всеми католиками, включая кардиналов; с 1566 г. приговоры инквизиционного трибунала не могли быть смягчены даже по решению папы. Конгрегация должна была руководить деятельностью всех инквизиционных трибуналов и служить высшей апелляционной инстанцией для них (исключение составляли трибуналы Пиренейского полуострова, Сицилии и Сардинии, находившиеся в юрисдикции испанской инквизиции). Римская инквизиция действовала, в основном, в Италии, а также в Авиньоне и в графстве Конта-Венессен (ныне департамент Воклюз, Франция). Попытки распространить её деятельность на другие французские земли не увенчались успехом; инквизиция там продолжала существовать номинально, фактически же борьба с еретиками находилась в ведении королевских судов и парламентов. При короле Людовике XIV (1643–1715 гг.) сохранялся последний инквизиционный трибунал в Тулузе, но и тот не функционировал. До 1571 г., когда была создана Конгрегация индекса, Конгрегация инквизиции занималась цензурой книг. Первый общий римский «Индекс запрещённых книг» был опубликован в 1559 г., в 1564 г. издан немного сокращённый «Тридентский индекс», который лёг в основу всех последующих индексов вплоть до конца XIX в.