Кроме преследования еретиков испанская инквизиция занималась регулярным изданием списков запрещённых книг (в 1551, 1559, 1583 гг. и т.д.; см. «Индекс запрещённых книг»), куда попадали сочинения гуманистов, переводная протестантская литература, художественная литература (например сочинения Лопе де Веги), переводы Библии на народные языки (в частности, перевод Песни Песней, сделанный гуманистом Луисом де Леоном с древнееврейского языка). В XVIII в. с критикой инквизиции выступали сторонники рациональной философии и Просвещения, а испанские монархи стали демонстрировать пренебрежение к ней: король Филипп V отказался присутствовать на аутодафе, по традиции приуроченном к его восшествию на престол, и впоследствии испанские Бурбоны не посещали подобных церемоний. К концу XVIII в. инквизиторы потеряли право преследовать вольнодумцев и вообще кого-либо, за исключением еретиков, а также подвергать аресту подозреваемых до того, как их вина будет доказана. Деятельность инквизиции свелась к книжной цензуре. Испанская инквизиция была отменена Жозефом Бонапартом в 1808 г., восстановлена королём Фердинандом VII в 1814 г., а затем окончательно упразднена в 1834 г. декретом регентши Марии Кристины. Последнее аутодафе, завершившееся передачей осуждённого светской власти, прошло в Валенсии 29 сентября 1826 г. Негативная оценка деятельности инквизиции в Испании раннего Нового времени стала важнейшим компонентом «чёрной легенды» («leyenda negra»), которая сложилась под влиянием евреев и конверсо, эмигрировавших из страны и способствовавших почитанию своих единоверцев как мучеников инквизиции, а также испанских протестантов-эмигрантов, жителей неиспанских владений испанской короны (Сицилии, Неаполя, Нидерландов, Англии при Марии Тюдор, которая была супругой короля Филиппа II Испанского), возмущавшихся введением в своих странах инквизици или опасавшихся такового. Просветители XVIII в. выступали с критикой в адрес инквизиции, видя в ней воплощение средневековых предрассудков, обскурантизма, диктата католической церкви.