Сами испанцы в конце XIX в. были склонны объяснять экономический и политический упадок своей страны грехами инквизиции, которая якобы уничтожила городскую буржуазию в лице конверсо и морисков, испортила отношения с протестантскими странами и т.д. Современные исследователи (например, Г. Камен) опровергают распространённые мифы об инквизиции: о её насилии над испанским народом, о её всесилии, о том, что инквизиционная цензура душила испанскую культуру. Португальская инквизиция была учреждена по примеру испанской. С 1515 г. португальские монархи пытались добиться от Папского престола буллы на введение инквизиции в стране, мотивируя запрос присутствием в католической стране многочисленной общины конверсо, очевидно сохранивших приверженность своей прежней религии. Эта община образовалась в результате насильственного крещения в 1497 г. всех евреев, оставшихся в стране после изгнания евреев из Португалии в 1496 г., в том числе эмигрантов из Испании. Посланцы этой общины информировали Римский престол о факте насильственного крещения. Получив эти сведения и обнаружив активное сопротивление конверсо введению инквизиции, папы медлили с изданием соответствующей буллы. Хотя первое аутодафе в Лиссабоне прошло в 1540 г., только в 1547 г. была обнародована папская булла, согласно которой в Португалии создавался инквизиционный трибунал по испанской модели с определённой независимостью от Рима: генеральный инквизитор, назначающий инквизиторов на местах и являющийся высшей апелляционной инстанцией по приговорам локальных трибуналов, был ограничен в своих полномочиях Верховным советом св. службы (Conselho Geral do Santo Oficio), члены которого назначались королём. Время от времени португальским конверсо удавалось с помощью крупных взяток смягчать инквизиционную политику: в 1605 г. община купила всеобщую амнистию за все прошлые прегрешения. Португальская инквизиция имела четыре трибунала: в Лиссабоне, Эворе, Коимбре и с 1561 г. в Гоа (Индия). К концу XVII в. деятельность португальских трибуналов ужесточилась: был принят закон, согласно которому у осуждённых еретиков отнимали детей для воспитания их в католической вере. Как и в Испании, португальские конверсо либо эмигрировали, либо постепенно ассимилировались.