Сначала икона была поставлена в алтаре недостроенной трапезной церкви во имя Филарета Милостивого, затем перенесена в собор и помещена в киоте справа перед иконостасом. Вскоре икона стала пользоваться особым почитанием: ежедневно утром и вечером сёстры обители молятся перед ней. В монастыре образ получил местное название «Елеонская Скоропослушница». На средства обители выполнены драгоценные венцы к иконе, образ был украшен многочисленными дарами в благодарность за помощь. В середине 1980 гг. все драгоценные украшения и привесы к иконе были похищены. В церкви во имя Двенадцати апостолов в Московском Кремле находился образ, упоминаемый в литературе второй половины XIX – начала XX вв. как выполненный для патриарха Никона в 1658 г. одновременно с Ильинской Черниговской иконой в Чернигове. Однако исторических сведений, подтверждающих эту версию, исследователи не нашли. Иконография относится к традиционному типу Одигитрии: благословляющий Младенец со свитком в левой руке сидит на левой руке Богоматери. Головы Богоматери и Младенца слегка склонены друг к другу, ножки Младенца плотно сведены. Фигура Богоматери имеет почти поколенный обрез, характерный для южно- и западнорусской Богородичной иконографии XVII в. Мафорий Богоматери сходится на Её груди под углом так, что виден фрагмент платья. Младенец облачён в белую рубашечку с воротником. С небольшими различиями этот извод был широко распространён в украинской и белорусской иконописи. Отличительной особенностью иконографии Ильинской Черниговской иконы исследователи считают жест протянутой вперёд благословляющей ручки Младенца. Идентичные или достаточно близкие композиционные решения присутствуют в ряде других чудотворных образов Богоматери, связанных с Белоруссией и Украиной (Борколабовская, Тригорская, Поддубецкая, Гербовецкая иконы Божьей Матери). В списках чудотворного образа нередко изображались короны на головах Богородицы и Младенца, отсутствующие на самой иконе, но имеющиеся на её окладе. Впервые короны были изображены на гравюре 1683 г. в книге Димитрия Ростовского «Руно орошённое». По мнению исследователей, эта гравюра стала образцом для украинских и русских икон, причём на таких списках обычно повторялась идентифицирующая надпись внизу (икона 1778 г., Черниговский государственный историко-архитектурный музей-заповедник). В конце XVII в. в черниговских землях встречались списки, выполненные не с гравюры, а непосредственно с чудотворной Ильинской Черниговской иконы (без корон и надписи внизу), имеющие скруглённый верх (икона из Успенского собора в Новгороде-Северском, Черниговский государственный историко-архитектурный музей-заповедник).