Первое чудо от иконы (исцеление крестьянки Фёклы Ельчищевой от расслабления) произошло 1 сентября 1869 г. Всего от иконы зафиксировано около сотни исцелений, образ пользовался широким почитанием в России. В связи с притоком тысяч богомольцев в скиту был выстроен собор с главным престолом в честь Ильинской Черниговской иконы (1886–1897 гг., освящён в 1893 г.), где был поставлен список чудотворного образа. До передачи чудотворной иконы в скит для неё изготовили серебряный золочёный венец с драгоценными камнями и бриллиантовый фермуар. В 1870 г. на средства князя Григория Ивановича (Григола) Грузинского, чья дочь благодаря иконе исцелилась от горячки, Андрей Михайлович Постников выполнил серебряный оклад. Парчовая подвесная пелена к иконе и бархатные воздухи были пожертвованы в 1874 г. исцелившейся после молитв перед образом от ломоты в костях вдовой Анной Сергеевой Кокаревой. Перед иконой висели десятки лампад от богомольцев. С иконы было выполнено множество списков, некоторые из них также прославились чудотворениями. Большая часть таких списков создана в скиту схиигуменом Германом (Гомзиным). Иконы его работы находились в Санкт-Петербурге, Саратове, Чернигове, в часовне Сергия Радонежского у Ильинских ворот в Москве, в Иерусалиме, на Афоне. До 1922 г. икона пребывала в скиту, затем была перенесена в церковь во имя Сергия Радонежского в Рогожской слободе в Москве. После закрытия храма в 1938 г. её судьба исследователям неизвестна. В Троице-Сергиевой лавре хранились три списка иконы: в притворе Троицкого собора (раньше стоявший в церкви в честь Ильинской Черниговской иконы в скиту), в трапезной церкви Сергия Радонежского и в монастырской трапезной (с дополнительными изображениями предстоящих Василия Великого и Антипы Пергамского). 13 сентября 2004 г. первый из упомянутых списков был возвращён в скит. В Успенском женском монастыре в Перми находился точный список (не сохранился) образа из Гефсиманского скита. Он был написан в Троице-Сергиевой лавре в 1874 г. для вновь учреждённой женской общины в Перми, преобразованной в 1881 г. в монастырь. Инициатором передачи иконы был настоятель построенного в 1873 г. Казанского храма (первой монастырской постройки) священник Григорий Остроумов; средства на написание иконы выделены благотворителями обители, купцами братьями Фёдором и Григорием Каменскими. В 1875 г. икону украсили серебряными позолоченными венцами с камнями. Перед этим местночтимым образом часто служили молебны с водосвятием и акафистом. В Елеонском Вознесенском русском монастыре в Иерусалиме находится, по мнению исследователей, список иконы из Гефсиманского скита работы схиигумена Германа (Гомзина), привезённый в обитель русскими паломниками в начале XX в.