По сообщению Калофета, после бурных диспутов Григорий Акиндин письменно выразил своё согласие с доводами паламитов, хотя на следующий день отрёкся от этих слов. Впрочем, его расписка, опубликованная в паламитском томосе 1347 г., свидетельствует лишь о том, что Григорий Акиндин подтвердил согласие с изречениями отцов церкви, на которые опирались паламиты. После бегства Варлаама Калабрийского на Запад победа Григория Паламы стала окончательной. Однако Григорий Акиндин продолжал настаивать на том, чтобы Палама, согласно их взаимной договорённости, убрал из своих трактатов наиболее одиозные тезисы. Раздражённые паламиты потребовали созыва нового Собора. По-видимому, Григорий Акиндин был не одинок в оппозиции к торжествующей партии. Так, Калофет свидетельствует о том, что он стал тратить деньги на своих сторонников, и намекает на «Иезавель», т.е. на Ирину-Евлогию Хумнену, которая в то время приняла сторону антипаламитов. Новый Собор открылся в июле (раньше считалось, что в августе) 1341 г. под председательством великого доместика (впоследствии императора) Иоанна VI Кантакузина (1341–1355 гг.). Патриарх Иоанн XIV Калека приказал Феодору Дексию зачитать отрывок из творения Василия Великого о невозможности познать Бога (это был единственный поступок патриарха, который Григорий Акиндин счёл благоприятным для своих сторонников). На Соборе партия паламитов шумно требовала смерти Григория Акиндина. Двое монахов из окружения Григория Акиндина едва избежали насилия, а сам он сообщает о наёмном убийце, монахе Мине, который якобы раскаялся и рассказал о замысле паламитов (впрочем, рассказ о подосланном убийце кажется исследователям маловероятным). Хотя Григорий Акиндин и был формально осуждён, об этом не было упомянуто в соборном томосе (определении). Это создало затруднения для паламитов, которые потребовали от патриарха, чтобы он подписал томос, осуждавший Варлаама и его сторонников. Как потом заявил патриарх Иоанн, он был вынужден уступить давлению со стороны Иоанна Кантакузина, добавив к томосу запрет толковать спорный вопрос как письменно, так и устно. Началось преследование сторонников Григория Акиндина, которых с этого момента стали именовать варлаамитами, чтобы подвести под синодальное осуждение. Противостояние паламитов и их противников переплелось с политическими интригами, которые привели к гражданской войне, начавшейся 26 октября 1341 г. Зимой 1341/1342 г. с позволения патриарха Иоанна XIV Калеки Григорий Акиндин устно полемизировал с Григорием Паламой. В 1342 г. против Григория Акиндина выступили также Иосиф Калофет и Давид Дисипат. Видимо, уже осенью того же года он письменно ответил оппонентам. На его антипаламитские ямбы Давид Дисипат сочинил ямбы в защиту Паламы. На Соборе в марте–апреле 1343 г. Григорий Акиндин прочитал «Донесение», которое стало своеобразным исповеданием веры и знаком того, что патриарх разрешил ему публиковать трактаты против паламитов. До 1344 г. он напечатал несколько сочинений против Григория Паламы, опровергнутых святителем в семи трактатах против Григория Акиндина. В это же время к противникам Григория Акиндина примкнул Филофей Коккин, а также монах Марк, писатель и исихаст. Многие друзья Григория Акиндина стали его врагами (в том числе Максим Ласкарь). В 1344 г. Григорий Палама был отлучён от церкви, предпринимались попытки подорвать его авторитет среди монахов. Однако исследователи не могут утверждать с уверенностью, что Григорий Акиндин помогал в этом патриарху. Иоанн XIV Калека сам писал письма и сочинения, в угодном для себя смысле толкуя томос 1341 г.