В ноябре–декабре 1344 г. Григорий Акиндин был рукоположён во диакона и иерея при поддержке патриарха и синода, но, как утверждали его враги, против воли императрицы Анны Савойской и регента Иоанна Апокавка, с которым Григорий Акиндин вскоре примирился (возможно, Иоанн XIV Калека намеревался ввести Григория Акиндина в епископат). Как богослов Григорий Акиндин стоял на стороне патриарха и с 1344–1346 гг. продвигал антипаламитов на епископские кафедры. В частности, он содействовал избранию митрополитами Иакова Кукунария в Монемвасии, Иакинфа в Фессалонике (на место смещённого митрополита Макария). Среди его приверженцев исследователи упоминают Георгия Лапифа, кипрского учёного, богача и мецената, пользовавшегося покровительством короля Гуго IV Лузиньяна (возможно, антипаламиты надеялись найти поддержку в православных диаспорах за рубежами империи). Так, в письме, написанном осенью 1345 г., Григорий Акиндин предлагал Никифору Григоре возглавить полемику против Григория Паламы и сообщал, что последний уже послал свои сочинения в Галату и на о-в Родос великому магистру ордена госпитальеров. Убийство Иоанна Апокавка 11 июля 1345 г. изменило политическую ситуацию в пользу Иоанна Кантакузина, поддерживавшего паламитов. Императрица Анна Савойская стала подозрительнее относиться к патриарху, потребовала от Григория Акиндина и Паламы предоставить исповедания веры, чтобы разобраться в их религиозных разногласиях. В это время Григорий Акиндин почувствовал, что патриарх отходит от него, вероятно, опасаясь за свой авторитет, т.к. Иоанн Кантакузин начал одерживать верх: 21 мая 1346 г. он был коронован как император в Адрианополе, где оппозиционные епископы воспользовались случаем для низложения патриарха. 2 февраля 1347 г., накануне вступления Кантакузина в Константинополь, императрица Анна созвала Собор под председательством сына Иоанна V Палеолога, чтобы низложить Иоанна XIV Калеку (как единомышленника Григория Акиндина), подтвердить томос 1341 г. и отлучить от церкви противников Григория Паламы. Неделей позже Григорий Акиндин был соборно осуждён вместе с низложенным патриархом. Несмотря на просьбу Иоанна VI Кантакузина, который после своей победы пытался прекратить богословские распри, Григорий Акиндин отказался от встречи с ним. По словам Кантакузина, Григорий Акиндин, видя торжество паламитов, не воспользовался предоставленной ему свободой слова и предложением покровительства со стороны нового императора и предпочёл удалиться в изгнание, где и оставался до скоропостижной смерти. Собор 1351 г. предал анафеме уже покойного Григория Акиндина. Никифор Григора полностью дистанцировался от него и признал соборное осуждение. Анафема Варлааму Калабрийскому и Григорию Акиндину наряду со славословием в адрес Григория Паламы была внесена в Синодик в Неделю Православия. В 1359 г. второй Собор в Тырнове предал анафеме «ересь Варлаама и Акиндина», отождествляя их с мессалианами. Приверженцы их взглядов были сосланы. Гонениям подверг акиндинитов и сербский король Стефан Урош III Дечанский (1282–1321 гг.). После 1368 г. в болгарском Синодике рядом с именами Варлаама и Григория Акиндина появилось имя Прохора Кидониса, также осуждённого за критику паламитского учения о созерцании нетварного Фаворского света. Болгарские и сербские ученики патриарха Каллиста I добавили в этот список также имя императора Иоанна V Палеолога за попытку примирения с латинянами в 1369 г. Сочинения против Григория Акиндина писали в течение многих столетий, хотя его богословские взгляды уже мало кого интересовали.