Книги: «Об образе действования православных греко-римских государей в IV, V и VI вв. в пользу Церкви против еретиков и раскольников», 1859; «Святые Константин и Мефодий, апостолы славянские», 1867 (в 1869 г. труд удостоен полной Уваровской премии); «Краткий очерк истории православных Церквей Болгарской, Сербской и Румынской или Молдо-Валашской», 1871; «Очерк истории просвещения у греков со времени взятия Константинополя турками до настоящего столетия», 1872; «Христианство в России до Владимира Святого», 1876; «История Русской Церкви», 1880 г. (в 1881 г. труд удостоен полной Уваровской премии); «Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая лавра», 1892 (в 1893 г. труд удостоен премии митрополита Макария); «История канонизации святых в Русской Церкви», 1894; «Вопрос о заимствовании домонгольскими русскими от греков так называемой схедографии, представлявшей собою у последних высший курс грамотности», СПб., 1904; «К вопросу о церковной реформе», М., 1906; «О реформе в быте Русской Церкви», М., 1913; «История Русской Церкви». М., 1880–1911; «Воспоминания Е.Е. Голубинского», Кострома, 1923. Статьи: «Очерк истории просвещения у греков со времени взятия Константинополя турками до настоящего столетия: I. Школы. II. Писатели». // Православное обозрение, 1872, №№ 5,6,7; «История алтарной преграды или иконостаса в православных церквах» // Православное обозрение, 1872, № 11; «Христианство в России до Владимира Святого» // Журнал Министерства народного просвещения, 1876, №№ 9, 10; «Обращение всей Руси в христианство Владимиром и совершенное утверждение в ней христианской веры при его преемниках» // Журнал Министерства народного просвещения, 1877, №№ 3, 5; «Памяти заслуженного профессора Московской Духовной Академии Петра Симоновича Казанского» // Православное обозрение, 1878, №3; «К нашей полемике со старообрядцами». // Богословский вестник, 1892, №№ 1,2,3,4,5; «Речь о значении Преподобного Сергия Радонежского в истории нашего монашества, произнесённая в торжественном собрании Московской Духовной Академии 26 сентября 1892 г.» // Богословский вестник, 1892, № 11; «Митрополит всея России св. Пётр» // Богословский вестник, 1893, № 1; «Митрополит всея России Феогност» // Богословский вестник, 1893, № 2; «Порабощение Руси монголами и отношение ханов монгольских к Русской Церкви или к вере русских и к их духовенству» // Богословский вестник, 1893, № 6; «Ответ на статью: И. Московский академический историк о житии преподобного Сергия» // Богословский вестник, 1893, №№ 10,11; «Митрополит всея России Кирилл III (первый после нашествия монголов)» // Богословский вестник, 1894, №№ 1,2; «Митрополит всея России Максим» // Богословский вестник, 1894, № 5; «История канонизации святых в Русской Церкви» // Богословский вестник, 1894, №№ 4,6,7,8,9; «Заметка о слове “канонизация”» // Богословский вестник, 1895, № 1; «К вопросу о начале книгопечатания в Москве» // Богословский вестник, 1895, № 2. Также был привлечён к написанию статей для Православной богословской энциклопедии.