Так, он писал историку Елпидифору Васильевичу Барсову об «Истории» Е.Е. Голубинского: «Читаю с удовольствием и интересом». После переиздания новой редакции первого тома (в 1901 и 1904 гг.), Е.Е. Голубинский принялся за создание второй части второго тома, поскольку долго лежавшая в ящике рукопись требовала переделок. Но силы у 70-летнего старца были уже не те, о чём свидетельствует запись в черновике рукописи: «В мае 1904-го года, по приезде домой из Петербурга, я принялся было за приготовление к печати 2-й половины II тома Истории Русской Церкви... Но вскоре увидел своё старческое бессилие сделать дело, и оставил его. Да простит меня Бог и да простят меня люди, которых интересует дело!» После смерти Е.Е. Голубинского были опубликованы главы второй части второго тома: управление, просвещение, богослужение в Московский период. Не были завершены главы о миссионерстве, монастырях, нравственности, отношении к инославным вероисповеданиям. По своему отношению к прошлому Руси Е.Е. Голубинский был западником. Идея, что «грамотность, а не просвещение – в этих словах вся наша история огромного периода, обнимающего время от Владимира до Петра Великого» проходит красной нитью всей работы историка. Несмотря на любовь к родному прошлому, Е.Е. Голубинский утверждал взгляд на невысокое историческое достоинство русского народа, и даже на неспособность его к просвещению. Несмотря на грамотность и начитанность, просвещения на Руси не было, а живую осмысленную христианскую вер и нравственность заменяло обрядоверие. Не все его положения подтвердились современной исторической наукой. Иногда он проводил не вполне корректные параллели между историческими и современными ему реалиями, был излишне прямолинеен в методике и выводах, несправедливо оспаривал текстологические наблюдения предшественников. В 1892 г. был напечатан труд «Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая Лавра». Работа вызвала резкий отклик в печати. Е.Е. Голубинский вынужден был отвечать своему оппоненту, напечатавшему пасквиль на его труд в журнале «Странник» под псевдонимом «И». Аноним обвинял историка в «скептическом и докторально-пренебрежительном отношении к родному прошлому». На вопрос анонима «какой науке он служит?» – Е.Е. Голубинский ответил так: «История бывает трёх родов: тупая, принимающая всё, что оставило нам прошлое время с именем исторического материала, за чистую монету.., лгущая, которая не обманывается сама, но обманывает других, которая из разных практических побуждений представляет белое чёрным и чёрное белым, хулит достойное похвалы и хвалит достойное порицание и т.д., и настоящая, которая стремится к тому, чтобы по возможности верно и по возможности обстоятельно узнавать прошлое и потом старается также верно и обстоятельно воспроизводить его».