После поездки на Восток Е.Е. Голубинский в 1874 г. принялся усиленно работать над первым томом «Истории Русской Церкви», первая часть которого («Христианство до Владимира и крещение Руси») была издана в 1880 г. при моральном и материальном содействии митрополита Московского Макария (Булгакова); в то время владыка сам печатал свою 12-томную «Историю Русской Церкви». Для печатания книги у автора не было средств, и он обратился с просьбой о займе к своему сопернику. Макарий знал, что работа Е.Е. Голубинского сведёт на нет его только что отпечатанные тома, но с благородством большого человека деньги дал. Это отношение митрополита открыло книге дальнейшую дорогу. 16 декабря 1880 года состоялась защита Е.Е. Голубинским сочинения, которое он выдвинул в качестве докторской диссертации. Оппонентами его на защите на степень доктора богословия были В.О. Ключевский и Николай Иванович Субботин (1827–1905 гг.). В Синодальном определении было поставлено на вид Совету Академии, что «общее направление “Истории” Голубинского не вполне соответствует духу учения и достоинству Православной Церкви» из-за критики Голубинского, наносящей удары по: сказанию о путешествии апостола Андрея; летописной повести о крещении Владимира; теории Карамзина  о просвещении домонгольской Руси; подлинности княжеских уставов. И всё-таки, несмотря на то, что Синод всячески затягивал утверждение Е.Е. Голубинского в степени доктора богословия, после настоятельных хлопот митрополита Макария эта степень 5 июня 1881 г. была ему присвоена. Но вскоре Макарий умер и оставил Е.Е. Голубинского беззащитным. 14 июня 1881 г. он был избран ординарным профессором. С января 1884 г. по апрель 1893 г.– помощник ректора по церковно-историческому отделению и член правления Московской духовной академии. В конце 1880 г. вышла вторая половина первого тома «Истории Русской Церкви» (о храмах, богослужении, монашестве, религиозном состоянии народа Киевского периода). Однако вскоре обер-прокурор Синода Константин Петрович Победоносцев (1827–1907 гг.) наложил свой интердикт на «Историю»; она была запрещена к приобретению во все библиотеки, кроме духовных академий (первая половина второго тома смогла появиться только в 1900 г., благодаря содействию Общества истории и древностей Российских; это же Общество перепечатало и обе половины первого тома в 1900 и 1904 гг.). Е.Е. Голубинский становится опальным профессором, в Академии вокруг него складывается атмосфера недоверия, созданию которой немало способствует профессор Н.И. Субботин, чей труд о расколе около десяти лет назад был подвергнут Е.Е. Голубинским серьёзной критике. В 1886 г. историк всё же получил звание заслуженного профессора, но основной труд его жизни не печатался. Назревало освободительное движение, и даже К.П. Победоносцев, человек хотя и высокопросвещённый, но отказавшийся в 1880 гг. прочитать труд Голубинского, начал менять к нему отношение. После личного ознакомления с первой половиной второго тома «Истории» (Московский период: от нашествия монголов до митрополита Макария, т.е. до половины XVI в.) благодаря содействию Общества Истории и Древностей Российских, а также лично главного архивариуса Министерства иностранных дел Сергея Алексеевича Белокурова (1862–1918 гг.), он снял цензуру с публикации «Истории» и даже неожиданно стал защитником автора.