В июле 1895 г. в силу сложившихся обстоятельств Е.Е. Голубинский был вынужден подать в отставку. Прекратив чтение лекций, не оставил научной деятельности. В марте 1906 г. он входил в Предсоборное присутствие, участвовал в работе отдела, занимавшегося решением вопроса о преобразовании центрального и местного церковного управления. В 1906 г. написал работу «К вопросу о церковной реформе», предлагая провести ряд мер, направленных на восстановление и укрепление соборного начала, «которое есть высшее созидающее начало в жизни Церкви». Объединение епархий в более крупные митрополичьи округа, укрепление и расширение института епископов, что позволило бы облегчить административную нагрузку архиереев и приблизить их к пастве на местах, – все эти меры призваны были оживить церковную жизнь, положить конец епархиальной разрозненности. Однако при всём стремлении к восстановлению соборности, Е.Е. Голубинский был против выборов патриарха, считая, что «без государственной власти Церковь не может обходиться». В 1906 г. он полностью потерял зрение, однако сумел с помощью своего ученика С.А. Белокурова опубликовать новое издание книги «Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая Лавра» (1909 г.), а также продиктовал начатые ещё в конце 1880 гг. «Воспоминания», ярко описывающие быт провинциального духовенства середины XIX в., духовное училище и семинарию, бытовую и научную атмосферу Московской духовной академии на протяжении нескольких десятилетий, родственнику и преемнику по кафедре профессору Сергею Ивановичу Смирнову (1870–1916 гг.). Скончался в Сергиевом Посаде. Умирая, просил положить себе под голову книгу «Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая лавра». Похоронен на кладбище Московской духовной академии, рядом с могилой своего учителя протоиерея А.В. Горского. С 1870 г. являлся действительным членом Общества Древне-Русского искусства при Московском публичном музее; с 1878 г. – действительным членом Общества Истории и Древностей Российских; с 1882 г. – членом-корреспондентом Императорской Академии Наук по разряду историко-политических наук; с 1883 г. – почётным членом Киевского Общества Нестора Летописца; с 1884 г. – почётным членом Болгарского книжного Дружества в Софии; с 1903 г. – академиком по Отделению Русского языка и Словесности Императорской Академии Наук.