Уже во II в. засвидетельствовано целое течение более или менее дуалистических раннехристианских учений – гностицизм. Гностики радикально противопоставляют совершенный, духовный высший мир и несовершенный, материальный низший (включая видимые небесные сферы), дух и материю, духовное и плотское начала в человеке. Даже пантеон божеств разделён на пары-сизигии, где одна составляющая как бы мужская (носит название мужского рода), а другая – женская. Верховное, изначальное божество во многих гностических учениях тоже имеет женский аналог. Гностический дуализм, как правило, вторичен. Почти все учения гностиков основаны на монизме: всё сущее происходит из единого божественного первоначала путём эманаций. Материальный мир, зло и грех оказываются результатом своеволия или незнания одного из младших божеств: по ошибке оно производит несовершенные, или злые, сущности, от которых, в свою очередь, происходит материальный мир. Верховным носителем зла нередко объявляется творец материального мира, отождествляемый с Богом исторических книг Ветхого Завета. Тело человека – творение низших сил, в то время как душа – часть небесного мира, пребывающая в плену плоти. Эсхатологическая цель – восстановление первоначального монизма и преодоление антагонистических противоречий. Таким образом, гностикам в большой мере присущ вторичный дуализм практически всех видов: онтологический, этический, дуализм души и тела. Подобный дуалистический характер носит единственная религия гностического типа, дожившая до наших дней, – мандеизм. С монистской первоосновой, учением о единой высшей сущности, сочетается дуализм света и тьмы, верховного мира идей и вторичного материального мира, мужского и женского космических начал, духа и плоти, этический дуализм. Первичный дуализм, по свидетельству источников, исповедовал один из гностических вероучителей – сирийский гностик Маркион. Согласно его доктрине, изначально существуют два Бога – благой и злой, Бог Нового Завета и Бог Ветхого Завета. Из этого Маркион выводил все остальные противопоставления, в том числе этический дуализм. На первичном дуализме основана возникшая в III в. религия гностического типа, манихейство. В этой синкретической религии сочетаются различные элементы; главные из них – гностическо-христианский и зороастрийский. Манихейский дуализм можно в равной мере выводить и из зороастрийского учения, и из гностической доктрины типа Маркионовой. Скорее всего, это одно из тех схождений между зороастризмом и гностицизмом, на которых основатель манихейства создавал своё учение об изначальной, истинной единой религии. Согласно манихейскому учению, существуют два извечных, равносильных и несводимых друг к другу начала: свет (божественное, духовное, благое начало) и мрак (материальное, демоническое, злое начало). Материальный мир явился следствием агрессии мрака и смешения его со светом. Структуру мира создали божества, но вещество его составляет материя с пленённым в ней светом. Человеческое тело – творение демонов злого начала, а душа представляет собой частицу светлого начала, похищенную и вложенную в плоть.