По существу своего учения Рене Декарт в целом остаётся на общих позициях с предшествующими «теологизированными» версиями антропологического дуализма, однако особый способ проведения различия внутри человека и те аргументы, которыми он пользовался в построении своей дуалистической системы, заложили основания современного секулярного дуализма, никак прямо не связанного с религиозной метафизикой, и оказали значительное влияние на всех последующих мыслителей, работавших в рамках дуалистической парадигмы. В учении о душе и теле Рене Декарт отошёл от традиционного для схоластики понимания души как формы тела, придающей материальному телу его качественные особенности. Для него не существует разницы между различными телами, поскольку любое тело является лишь «протяжённой вещью» (res extensa), все качества которой выразимы на языке геометрии и математики в понятиях размера, вида и движения (внутреннего либо внешнего). Рене Декарт не разделял восходящее к Аристотелю понимание души как принципа жизни, общего для всего органического мира и отличающего живой организм от неживой вещи. И если Аристотель различал «одушевлённую» и «неодушевлённую» материю, то для Декарта «во всём универсуме существует одна и та же материя». Согласно аристотелевской традиции, ум есть лишь высшая часть души, свойственная человеку, причём в христианском Средневековье эта часть редко трактовалась как отдельная субстанция. Для Декарта большинство жизненных функций организма объясняется в терминах механистической физической организации органического тела, поэтому он отказался от представления о «питательной» или «чувствующей» душе: «Не следует... придумывать какую-то питательную или чувствующую душу, либо какой-то иной принцип движения и жизни, кроме... жара огня, постоянно горящего в сердце, который ничем не отличается по природе от всех других огней, присутствующих в неодушевлённых телах». С помощью такой механистической причинности, без всякого обращения к понятию души, Декарт объяснял не только простейшие двигательные и питательные функции человека, но и такие сложные процессы, как восприятие, воображение, память, эмоции. Вследствие подобного оригинального разделения функций души и тела душа оказывается у Декарта отождествлённой с человеческим умом («Я рассматриваю ум не как часть души, но как мыслящую душу в её целостности»), становясь уже не принципом жизни, но принципом мышления. На это указывает и тот факт, что Декарт отказывался считать смерть человека «отходом» или «отсутствием» души, утверждая, что «смерть приключается лишь из-за того, что приходит в упадок одна из важных частей тела». Поэтому смерть тела не оказывает никакого воздействия на ум, который «бессмертен по самой своей природе». В свою очередь, так понятая душа прямо отождествляется Декартом с человеком, признаётся носителем человеческой личностности: «В строгом смысле я есть лишь вещь мыслящая (res cogitans), или ум (mens), или дух (animus), или интеллект (intellectus), или разум (ratio)». Тем самым внутри человека размечается жёсткое дуалистическое противопоставление его нематериального «ума» и тела, которое соединено с этим умом чисто внешним образом и не связано с личностью человека, будучи просто механическим «автоматом».