По учению Аристотеля, одушевлённые организмы отличаются от неодушевлённых объектов в силу обладания особым источником жизни, который сам по себе несводим к феноменам материального мира. Этот источник отождествляется с душой, что приводит к внутреннему дуализму уже не между душой и телом, но внутри самой души: душой считаются и простые процессы роста, питания и ощущения, свойственные растениям и животным, и неоднородные с ними мыслительные процессы, являющиеся характеристическим признаком человека. Аристотель ясно проводил мысль, что ум может существовать независимо от тела, в то время как низшие части души к этому неспособны: «Способность ощущения невозможна без тела, ум же отделим (от него)». Таким образом, высшая часть души – ум дуалистически противостоит как материальному телу, так и более низкой части души, общей у человека и других представителей живого мира. Случай дуализма внутри души, при котором противопоставляются чувствующая душа и ум, имеет место именно у Аристотеля и его последователей и не обнаруживается в предшествующей традиции, что позволило исследователям назвать такую разновидность дуализма «аристотелевским дуализмом», который отличается от традиционного «платоновского дуализма» души и тела. Дуалистические тенденции Аристотеля широко распространились в эллинистической и средневековой христианской философии, став предметом многочисленных теоретических споров, периодически возникавших несмотря на то, что под влиянием христианского богословия на протяжении Средних веков неоднократно постулировалось субстанциальное единство души. Последующие толкователи Аристотеля по-разному интерпретировали разработанное им учение о соотношении души и тела; например, Александр Афродисийский был склонен понимать Аристотеля монистически и писал о душе как о результате гармонии всех частей тела, тогда как Симпликий предлагал дуалистическую концепцию взаимоотношения души и тела как двух отдельных сущностей. Примером строго проводимого метафизического дуализма в эллинистической философии служат взгляды платоников и неопифагорейцев Плутарха и Нумения Апамейского (II в.). В учении о материи, отождествляемой с «неопределённой диадой» пифагорейцев, Нумений рассматривал её как совечную первопринципу блага (богу), но изначально являющуюся некой злой природой (natura maligna). В связи с этим Нумений отвергал попытки своих предшественников тем или иным способом вывести диаду из первичной божественной монады. Он особо выделял учение о «злодетельной душе» у Платона, которую считал материальной и в которой, так же как и Плутарх, видел причину хаотического «беспорядка», описываемого в «Тимее». Этот творимый «материальной душой» беспорядок упорядочивается творческим действием демиурга, но никогда не бывает целиком нейтрализован, оказываясь всегда продуцирующим зло принципом. Тем самым метафизический дуализм становится основой этического дуализма, поскольку творимое индивидом зло трактуется Нумением как действие в нём особой «злой души».