Дуалистические идеи прослеживаются также в трактатах Плотина, главным образом, в связи с его учением об отождествляемой с чувственно воспринимаемой и умопостигаемой материей «неопределённой диаде», которая противопоставляется Единому. Следствием такого противопоставления является дуалистичное понимание мира как включающего в себя целиком различные области умопостигаемого и чувственно воспринимаемого. Аналогичная схема применялась Плотином и при рассмотрении человека, также соединяющего в себе материальное и духовное начала, душу и тело. Согласно Плотину, ничто душевное, включая растительную и животную душу, не нуждается для своего существования в теле, хотя всякое тело как наделяемое жизнью нуждается в душе и всецело зависит от неё как от принципа жизни. Главным качеством души, обеспечивающим её неуничтожимость и бессмертие, Плотин считал её свойство давать жизнь: «(Душа) даёт жизнь одушевлённому телу, сама же имеет жизнь от себя и никогда не лишается её». Высшая часть души – ум является целиком нематериальной и бессмертной, в то время как её низшие части тесно связаны с материальным телом. Поэтому вся душа в целом нуждается в «очищении», осуществляющемся путём философских упражнений в созерцании, благодаря чему она сможет вернуться в умопостигаемый мир: «Жизнь в теле сама по себе есть зло, однако благодаря ей душа достигает блага, если не живёт жизнью составленного, но прямо теперь начинает своё освобождение». Здесь антропологический дуализм взаимосвязан с этическим дуализмом, поскольку нравственное возвышение души (отождествляемой с самим человеком) трактуется как освобождение от «налипшей от рождения скверны». Таким образом, считают исследователи, что применительно к Плотину правомерно говорить о двояком дуализме: о дуалистическом противопоставлении чувственного тела и души (ума) и о дуальности внутри человека, в котором борются влечение к чувственному и тяга к чистому созерцанию умопостигаемого. На этот двоякий дуализм указывал сам Плотин: «Каждый человек двойственен: с одной стороны, он есть нечто составленное из двух (т.е. души и тела), с другой – он есть то в нём, что есть он сам». Новый импульс дуалистические тенденции получили в связи с развитием христианского миропонимания в трактатах и философских рассуждениях св. отцов и последующих церковных писателей. Если в христианском богословии метафизический дуализм постепенно теряет свою первостепенную актуальность, уступая место более значимому для богословия дуальному различению тварного (мир) и нетварного (Бог), то антропологический дуализм продолжает активно разрабатываться и модифицироваться. Именно в рамках христианского богословия в полноте раскрывается и обосновывается учение о душе и теле как об особых сущностях (субстанциях) или «сущностных частях» человека, выводимое, прежде всего, из учения Священного Писания о душе (или её высшей части – духе) как о «дыхании Божьем» (ср.: Быт. 2:7), «бестелесном дыхании жизни», что радикально отличает её от материального тела, а также из представлений о посмертном существовании души отдельно от смертного тела.