Хотя эти встречи были непродолжительными, он успел привязаться к аскетически настроенному епископу и избрал его своим духовным отцом. Именно келлия с церковью во имя Антония Великого, на месте которой впоследствии был построен скит апостола Андрея, стала, по всей видимости, местом, где материалы «Добротолюбия» были исправлены и приведены к пригодному для печати виду. Никодим исполнил возложенное на него послушание за год или за два, поскольку известно, что уже в 1778 г. он возвратился в монастырь Дионисиат. Исправленный вариант «Добротолюбия» был лично или через чьё-либо посредство передан Никодимом Макарию, который отвёз его в Смирну (современный Измир, Турция). Оттуда книгу, издание которой было поддержано щедрыми пожертвованиями, надлежало переправить для печатания в Венецию. В Смирне Макарий встретился с главным благотворителем Иоанном Маврокордатом, который принял его в своём доме и «обещал направить в печать священное добротолюбие отцов, книгу душеполезнейшую». Со дня завершения редактирования книги до её выхода в свет в 1782 г. прошло около пяти лет. Согласно свидетельству Паисия (Величковского), одновременно с изданием «Добротолюбия» Макарий занимался подготовкой к печати Египетского патерика и творений Симеона Нового Богослова, а также ряда других святоотеческих творений. Он планировал постепенно издать все творения отцов-подвижников, чтобы уберечь их от гибели и забвения. Исследователи по-разному оценивают степень участия Макария и Никодима в подготовке материалов книги. По словам современного исследователя, английского патролога епископа Диоклийского Каллиста (Уэра), «значительно более важной была роль святителя Макария: ему принадлежала инициатива всего предприятия, за ним было решающее, если не исключительное слово при выборе авторов и сочинений, он устанавливал окончательный вариант для печати». Исследователи считают, что, скорее всего, именно Макарий осуществлял общее руководство работой и подбор материалов, тогда как Никодим помимо исправления и редактирования сочинений составил общее предисловие и вступительные статьи к каждому автору. Паисий (Величковский) сообщает, что основную работу по подготовке книги осуществил Макарий (Паисий, возможно, располагал неизвестными нам сведениями или узнал об этом от монаха Григория, близко знакомого с Макарием). Однако и вклад Никодима, обладавшего исключительными способностями и незаурядным прилежанием, вероятнее всего, был значительным. По просьбе Макария он подготовил также к изданию аскетический сборник Павла Евергетина (XI в.), изданный в 1783 г. Помимо общего предисловия и святоотеческих сочинений в состав «Добротолюбия» входят краткие вступительные статьи к каждому автору. Хотя сведения, содержащиеся в этих статьях, в настоящее время отчасти устарели, они являются результатом достаточно серьёзной работы, отвечающей требованиям не только душеполезного чтения, но и научного исследования. Издатели «Добротолюбия» нигде не указывают, какие именно рукописи были ими взяты за основу, хотя изредка на поля вынесены варианты чтений. Из этого исследователи делают вывод, что в процессе подготовки издания просматривалось несколько рукописей.