Сохранился ряд изображений Даниила последней трети XVI – XX в. иконописного характера. Вместе с Андреем Рублёвым он представлен на миниатюре в одном из томов Древнего летописца (второй Остермановский том) в составе Лицевого летописного свода 1570 гг. под 1408 г. Художники изображены за работой в Успенском соборе во Владимире, пишущими или поновляющими Владимирскую икону Божьей Матери: оба не в монашеских одеждах (миниатюрист исходил из текста летописной статьи, где нет указания на монашеский сан иконописцев), Даниил с пышной, окладистой бородой, небольшими залысинами и морщинами на челе. Вместе с Андреем Рублёвым он изображён на двух миниатюрах лицевого списка Жития Сергия Радонежского, изготовленного в царской книгописной мастерской в 1580 – начала 1590 гг.: в сцене встречи или беседы и в сцене росписи храма на миниатюре «Приглашение преподобным Никоном Радонежским художников Даниила и Андрея Рублёва в Троице-Сергиев монастырь и «подписание» ими Троицкого собора», а также на миниатюре «Прощание Троицкой братии во главе с преподобным Никоном Радонежским с почившими Андреем Рублёвым и Даниилом». Иконописцы изображены в монашеских одеяниях, без нимбов (на трёх миниатюрах в главе «Начало Андроникова монастыря» той же рукописи преподобный Андрей – с нимбом), причём Даниил имеет густую и более длинную, чем у его ученика, бороду. Изображение Даниила представлено на иконе «Собор Московских святых» не ранее второй половины XVIII в. (?), находившейся до 1917 г. в Крестовоздвиженской церкви Никольского единоверческого монастыря на старообрядческом Преображенском кладбище в Москве (в настоящее время местонахождение неизвестно): Даниил – коленопреклонённый (видна только голова с нимбом), третий в первом ряду справа, с пышной причёской (в отличие от «взлысого» Андрея Рублёва) и бородой; на нимбе надпись: «Пр Данiилъ Спо(стник)». Запоминающийся образ иконописца-творца представлен на картинах знатока древнерусского искусства художника Николая Михайловича Чернышёва (1885–1973 гг.) «Андрей Рублёв и Даниил Чёрный» (два варианта 1960 г.; местонахождение другого неизвестно) и «Досуг древних живописцев (Даниил Чёрный и Андрей Рублёв)» (1962 г., собрание семьи художника, Москва). Даниил изображён в рост на иконе «Преподобные Даниил Чёрный и Андрей Рублёв» 2002 г. работы Владимира Анатольевича Сидельникова в местном ряду иконостаса Спасского собора Андроникова монастыря. Его образ присутствует на клеймах иконы письма монахини Иулиании (Соколовой) «Преподобный Никон Радонежский с житием» (начало 1950 гг., над ракой святого в приделе Никона Радонежского Троицкого собора), иконописного триптиха «Житие преподобного Андрея Рублёва» работы художника-реставратора Василия Осиповича Кирикова (1972 г.), а также на иконах «Преподобный Андрей Рублёв с житием» работы Ирины Васильевны Ватагиной (1981 г., церковь святителя Николая Чудотворца в Кузнецах, Москва) и Е.В. Князевой (2003 г., фонд Иконописного центра «Русская икона», Москва).