Монастырская жизнь в обители возобновилась в 1991 г., когда часть зданий Боголюбского монастыря была передана монашествующим (около 10 человек, настоятель – схиигумен Никодим). В 1992–1997 гг. настоятелем являлся архимандрит Иероним (Деркач). 14 января 1997 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Владимирского  архиепископа Евлогия (Смирнова) в Боголюбский монастырь были переведены 60 сестёр и архимандрит Пётр (Кучер) из Задонского в честь Преображения Господня монастыря. В Боголюбове разместились два монастыря: мужской, наместником которого стал архимандрит Пётр, и женский, его настоятельницей была утверждена насельница суздальского Покрова Богородицы монастыря Елена (Богдан). К 2003 г. на территории Боголюбского монастыря жили  около 100 насельниц и 30 насельников. Силами и средствами Боголюбского монастыря восстанавливается Евфросиниев суздальский женский монастырь. Боголюбский собор был освящён 27 апреля 1997 г. К началу 2003 г. в соборе был установлен иконостас, продолжались реставрационные работы, восстановление настенной живописи. 25 мая 1997 г. архиепископ Евлогий освятил Благовещенский храм, в котором совершаются будничные богослужения. В том же году на монастырскую колокольню были подняты специально отлитые колокола весом 1000 и 2500 кг. Практически заново отстроен Иустиновский корпус, в монастыре действуют иконописная, швейная и столярная мастерские, гостиница для паломников. К 2003 г. Рождественский собор, в котором несколько раз в году совершаются богослужения, и лестничная башня с переходом XII в., включённые ЮНЕСКО в список Всемирного культурного наследия, находятся в совместном ведении Владимиро-Суздальского музея и монастыря. В монастыре хранятся частицы мощей Владимирских и Киево-Печерских святых. В конце июля 1991 г., во время перенесения мощей Серафима Саровского в Дивеево, крестный ход посетил Боголюбский монастырь. Мощи преподобного были обнесены вокруг Боголюбского собора, затем поставлены на паперти. Патриарх Алексий II совершил перед ними молебен в благословение возрождающейся обители. Тогда же в память этого события в цокольном помещении собора был освящён первый на Владимирской земле храм во имя Серафима Саровского. В 1995 г. возрождена традиция крестного хода с Боголюбской иконой, но в ином виде, чем до революции. На крестный ход выносится список иконы конца XIX – начала XX вв. 30 июня после всенощного бдения образ увозят из Боголюбского монастыря в храм равноапостольных Константина и Елены в Добром. Утром следующего дня из храма в Боголюбском монастыре отправляется крестный ход, возглавляемый Владимирским архиереем. На окраине Боголюбова шествие встречается с крестным ходом, вышедшим из монастыря, во главе с наместником. Соединившись, крестные ходы входят в Боголюбский монастырь, и в Боголюбском соборе Владимирский архиепископ служит литургию.