В 1841 г. была возведена и освящена существующая в настоящее время трёхэтажная колокольня (высота 58 м). Два нижних яруса, где расположены св. врата и надвратный Успенский храм, имеют кубическую форму, второй ярус дополнен двумя апсидами. Завершающий ярус, собственно колокольня, представляет собой ротонду, аркада которой украшена сдвоенными полуколоннами. По верхнему краю яруса св. врат сохранились фрагменты наружной росписи конца XIX – начала XX вв. Внизу, в восточной части св. врат, была устроена часовня-усыпальница, в которой похоронены архимандриты Боголюбского монастыря Феофил, Иероним и Даниил. На решётчатых створках св. врат находились изображения князей Александра Невского, Георгия, Андрея и Глеба, над ними – икона Спасителя. Самым большим из монастырских храмов является собор в честь Боголюбской иконы Божьей Матери, заложенный 19 мая 1855 г. и освящённый 20 мая 1866 г. Владимирским епископом Феофаном Затворником. Храм в русско-византийском стиле был возведён по проекту Константина Андреевича Тона под наблюдением губернского архитектора Якова Максимовича Никифорова, большую часть средств на строительство пожертвовали московская купчиха Анна Герасимовна Алексеева и её сыновья. В храме имелись приделы во имя святых Симеона Богоприимца и Анны Пророчицы (освящён 18 июня 1866 г.) и апостолов Петра и Павла (освящён 20 мая 1867 г.). Здание собора крестово-купольное, с пятью тесно примыкающими друг к другу главами на гранёных барабанах и постаментах, центральный купол выделен высотой и объёмом. Фасады собора украшены пилястрами, карнизом и закомарами с архивольтами и круглыми нишами. Своды центральных рукавов креста по высоте и ширине превосходят боковые компартименты, что подчёркнуто размерами закомар. Иконостас храма создан по рисункам академика Фёдора Григорьевича Солнцева (1801–1892 гг.). Внутренние росписи в академическом стиле выполнены в 1870 гг. В 1907–1908 гг. настенная роспись была обновлена, в главном алтаре установили новый резной позолоченный иконостас. С юго-западной стороны церкви Рождества Пресвятой Богородицы, на месте шатра, в котором, по преданию, князю Андрею явилась Божья Матерь, находится Святой шатёр (киворий). В его современном виде шатёр был построен в XVII в., впервые упомянут в описях монастыря 1680 гг. Каменная часовня представляет собой свод, увенчанный крестом и опирающийся на четыре столпа, которые имеют форму перевёрнутого кувшина. Раскопки Николая Николаевича Воронина (1934–1938 гг.) позволили восстановить вид этой постройки в XII в.: это была белокаменная резная восьмиколонная аркада, под которой стояла белокаменная чаша с высеченным на дне крестом. По преданию, из чаши князь Андрей брал деньги для раздачи рабочим, строивших храмы и другие здания Боголюбова, из неё же он наделял деньгами бедных. В Боголюбском монастыре ежегодно 18 июня, в день празднования Боголюбской иконы, в этой чаше совершалось освящение воды (в настоящее время белокаменная чаша из Святого шатра, с железным обручем вокруг неё и внутри обложенная железом («кандея»), находится в собрании Владимиро-Суздальского музея). В постройке XII в. вверху столпов на восточной стороне было изображено явление Богоматери князю Андрею, на западной – текст, повествующий об этом событии.