В 1922 г. представители обновленческой «Живой Церкви» захватили здания владимирского монастыря Рождества Пресвятой Богородицы, братию которого выселили в Боголюбово. С начала 1923 г. обновленцы в союзе с органами власти приступили к ликвидации монастырей во Владимирской губернии. 11 мая 1923 г. в монастыре были опечатаны Благовещенская и Рождественская церкви, 3 июня монастырь был закрыт. В том же году обновленцы пытались зарегистрировать церковную общину и пастырскую школу при Благовещенском храме Боголюбского монастыря, но губисполком не поддержал этого начинания. 17 сентября президиум Владимирского уездного исполкома принял решение о передаче всего имущества монастыря уездному и волостному исполкомам. Однако постановлением того же исполкома от 21 декабря 1923 г. и Владимирского губземуправления от 8 января 1924 г. бывший Боголюбский монастырь со всем имуществом передавался в ведение музейного отдела. Начиная с середины 1920 гг. губмузей, испытывавший финансовые трудности, сдавал монастырские здания в аренду различным организациям, в том числе приёмнику-распределителю беспризорных детей при отделе просвещения Московско-Курской железной дороги. В результате проведённой музеем в сентябре 1927 г. проверки оказалось, что доступ экскурсантов к памятникам XII в. затруднён из-за «невыразимого бесчинства беспризорных». В 1928 г. детприёмник был переименован в детдом, которому музей передал монастырские келейные корпуса, в 1929 г. Боголюбский собор и Рождественский храм были сданы под склад зерна, музейные владения в Боголюбове фактически ограничились памятниками XII в. К началу 1929 г. с колокольни были сняты 15, а вскоре и оставшиеся 18 колоколов. В 1935 г. состояние боголюбовских памятников описал инспектор облоно: в Рождественском соборе рассыпано зерно, в западной паперти разместился колхозный телятник, в алтаре Андреевского придела – кубовая с кипятильником, здание часовни занято складом под дёготь и керосин. В 1934–1938 гг. на территории Боголюбского монастыря проводились археологические раскопки под руководством Н.Н. Воронина. Часть придела князя Андрея Боголюбского, находившаяся под переходом XII в., была разрушена. Вероятно, в те годы уничтожили часовню и монастырское кладбище. 29 августа 1937 г. музей принял решение о «сохранности оставленных не засыпанными памятников». В Рождественском храме, переходе и башне были открыты экспозиции. С 1941 г. до начала 1990 гг. в других монастырских зданиях размещались районная и поселковая администрация, банк, отделение милиции, почта и телеграф. Боголюбский собор служил зернохранилищем, его приделы – складами медикаментов, стеклотары, пива. До начала 1980 гг. в некоторых монастырских корпусах располагались жилые квартиры. В 1988 г. Госстрой СССР и Академия художеств СССР решили устроить в Боголюбове Центр перспективных проблем архитектуры. В монастырских зданиях предполагалось разместить гостиницы, в соборе – выставочный зал, кинозал и т.д. Однако вскоре община верующих посёлка Боголюбово и окрестных деревень получила разрешение на использование Боголюбского собора для совершения в нём богослужений.