Тесная связь Босха с духовной жизнью этих организаций – веский аргумент против тех, кто считает его адептом еретических сект (например, адамитов, проповедовавших возвращение к святости и невинности первобытных людей в раю), которых в Хертогенбосе тоже было немало. Иеронимус Антониссон ван Акен вступает в братство Богоматери в 1486–1487 гг., а годом позже становится его «почётным членом». Между тем уже в 1480–1481 гг. в книгах счетов зафиксировано, что он приобрёл две створки старого алтаря, не завершённого его отцом. В этой связи он назван живописцем, а значит, уже тогда был свободным мастером. В дальнейшем Босх будет щедро жертвовать братству деньги и свой труд художника. Так, между 1488 и 1492 гг. распишет створки главного алтаря, около 7 февраля 1492 г. сделает на старых простынях рисунок для цветного витража, потом будет заниматься гербовыми печатями (1503–1504 гг.), руководить работами по росписи и позолоте нового, резного алтаря (1508–1509 гг.), изготовит форму для медного канделябра и распятия (1509 и 1511–1512 гг.). Но ни одна из этих его работ не сохранилась. Последнее упоминание в книгах Братства относится к 9 августа 1516 г. В этот день в капелле Богоматери церкви Св. Иоанна состоялось торжественное отпевание брата Иеронима, «выдающегося художника», умершего, скорее всего, за несколько дней до этого. В настоящее время известно примерно 35 живописных произведений Босха (некоторые из них вышли из его мастерской, некоторые считаются копиями с его несохранившихся картин). Ни одна из дошедших его работ не датирована им самим. Поэтому, предположительно, первые известные его картины, носившие сатирический характер, относятся к середине 1470 гг. В частности, созданные в 1475–1480 гг. картины «Семь смертных грехов», «Брак в Кане», «Фокусник» и «Удаление камней глупости» («Операция глупости») носят ярко выраженный нравоучительный характер с элементами иронии и сатиры. Но здесь ещё чувствуется неуверенность молодого художника; он использует лишь отдельные элементы символического языка, которые позже заполнят все его произведения (немногочисленны они и в картинах «Операция глупости» и «Фокусник», высмеивающих людскую наивность, которой пользуются шарлатаны, в том числе и в монашеском одеянии). Ещё острее Босх высмеял церковников в картине «Корабль дураков» (1490–1500 гг.; Париж, Лувр), где подвыпившие монахиня и монах горланят песню в компании простолюдинов на утлом судёнышке, управляемом шутом. В этой аллегорической картине, перекликающейся с известной одноимённой сатирой немецкого учёного-гуманиста Себастиана Бранта (1458–1521 гг.), антиклерикальные тенденции в творчестве Босха выражены наиболее отчётливо (исследователи подчёркивают её тем, что корабль символизирует церковь, призванную вести паству в Царство Небесное). Произведения художника они делят на несколько основных групп. Традиционные библейские и евангельские темы получают у Босха новую, оригинальную интерпретацию. Таковы «Поклонение волхвов» (Мадрид, Филадельфия) и особенно «Христос перед народом» (Франкфурт) и «Несение креста» (Гент). Противостоящая Христу или окружающая Его толпа показана художником в виде группы людей, охваченных низменными страстями. Темы ада и рая дают обильный материал для сложной символики, воплощений в изощрённых фантастических образах (триптих «Сад наслаждений», «Рай» и «Ад»; Мадрид). Резко осуждавший развращённость духовенства, Босх всё же вряд ли был еретиком, как утверждал современный немецкий искусствовед В. Френглер, хотя свой путь к постижению Бога он искал вне официальной церкви. Значительное место в творчестве художника занимают изображения искушения святых, в которых моральная стойкость верующего человека противопоставлена окружающим его соблазнам и страхам, принимающим форму демонического кошмара. Самое яркое из этих произведений – триптих «Искушение св. Антония» (Лиссабон), где озарённое красным заревом горящего города небо придаёт сцене дьявольского наваждения зловещий характер. Иногда эти сцены развёртываются среди величаво спокойной природы («Искушение св. Антония»; Мадрид). Особенно значителен пейзаж в картине «Иоанн на Патмосе» (Берлин, Далем), где запечатлён типичный ландшафт голландской равнины, предвосхищающий голландский пейзаж XVII в.