В 1970–1980 гг. в Астраханском кремле проводились восстановительные работы, в ходе которых были отреставрированы Троицкий собор и Кирилловская часовня, потолочная роспись старейшего в Астрахани храма во имя Николая Мирликийского. Возрождение церковной жизни в епархии началось в 1990 гг. В 1990 г. на колокольне Астраханского кремля был установлен трёхметровый крест, в 1991 г. при Покровском кафедральном соборе открылась библиотека духовной литературы. В 1992 г. Астраханской и Енотаевской епархии был передан Успенский собор, соборная Пречистенская колокольня и часовня игумена Кирилла, градостроителя Астраханского. В мае 1992 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера) был вскрыт гроб небесного покровителя Астрахани митрополита Иосифа, его мощи были положены в раку, установленную в Успенском соборе, и перед ними начали служить молебны. В 1994 г. у бывшего Благовещенского монастыря был воздвигнут поклонный кирилло-мефодиевский белокаменный крест в память о подвиге равноапостольных Кирилла (Константина) и Мефодия. В 1995 г. возобновлён астраханский во имя Иоанна Предтечи мужской монастырь. В 1999 г. верующим возвращён храм во имя св. равноапостольного князя Владимира, в котором располагался автовокзал. 28 июля 1999 г. во время Патриаршего крестного хода, посвящённого 2000-летию Рождества Христова, на звонницу и главный купол храма были подняты кресты, 19 августа в возобновлённом храме совершена первая литургия. Активно ведётся строительство церквей и молитвенных домов в селах Астраханской области. В 1992 г. в Астраханской и Енотаевской епархии было 32 прихода, в 1996 г. – 37, в 1999 г. – 44 прихода. Молитвенные комнаты действуют в тюрьмах, больницах, детдомах, домах престарелых и реабилитационных центрах. В 1991 г. Астраханское епархиальное управление выпустило несколько номеров газеты «Астраханский православный собеседник», с сентября 1996 г. ежемесячно выходит газета «Свет Православия» (тираж 8 тыс. экз.), с апреля 1999 г. издаётся бюллетень отдела религиозных обрядов и катехизации «Хоругвь» (тираж 1000 экз.), в эфир выходит 30-минутная телепрограмма «Православный календарь». С 1992 г. при Покровском кафедральном соборе еженедельно проводятся катехизические беседы. При Успенском соборе Астраханского кремля и Михаило-Архангельской церкви города Ахтубинска действуют двухгодичные курсы по подготовке катехизаторов из мирян. Свыше 700 человек посещают 17 воскресных школ. Книжный фонд приходских библиотек насчитывает больше 7 тыс. томов. В 1999 г. епархиальный совет учредил «Просветительский центр имени священномученика Иосифа, митрополита Астраханского». В ноябре 1999 г. в Астрахани работала межрегиональная конференция «Отечественные традиции духовно-нравственного воспитания в детском саду и начальной школе», на которой было создано «Астраханское православное педагогическое общество». В задачи общества входит оказание помощи в подготовке светских педагогов и воспитателей для преподавания основ православия. В июне 2000 г. состоялся первый выпуск из прошедших в обществе переподготовку 54 учителей, которые начали преподавать в школах курс «Основы православной культуры». В мае 2000 г. в Астрахани прошла конференция, посвящённая 2000-летию христианства. Астраханская и Енотаевская епархия в лице Астраханского епископа Ионы (Карпухина) за благотворительную деятельность удостоена губернаторской грамоты «Благодетель губернии». Епископ Иона (Карпухин) является председателем созданного в 2001 г. Астраханского областного межконфессионального совета.