Чрезвычайно тяжелыми были для Астраханского края последствия Смутного времени: Царицынская и Саратовская крепости были полностью уничтожены, Астрахань и Терская крепость обезлюдели, Троицкий монастырь был разграблен, сильно пострадал Спасский монастырь. В течение девяти лет после кончины Феодосия (ум. в 1606 г.) Астраханская кафедра вдовствовала, лишь в 1615 г. в Астрахань прибыл новый архиепископ Онуфрий. В память об освобождении Астрахани от войск Ивана Мартыновича Заруцкого и Марины Мнишек воздвигли церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери. Благодаря правительственной поддержке епархиальное хозяйство в 1620–1650 гг. было быстро восстановлено. Основным источником дохода для архиерейского дома и монастырей были не земли, как в Центральной России, а рыбные и соляные промыслы, исследователям известны случаи пожалования рыбными ловлями также белого духовенства. Монастыри осваивали территории, прилегающие к городу, возле монастырей возникали слободки, где жили монастырские слуги. В середине XVII в. в Астрахани существовало пять монастырей и около 20 церквей. Ситуация вне Астрахани и её округи была совершенно иной, число поселений в Нижнем Поволжье увеличилось незначительно. В Терках в первой половине XVII в. упоминаются соборная Воскресенская церковь и Благовещенский монастырь, в Царицыне – церковь во имя Иоанна Предтечи и монастырь во имя Пресвятой Богородицы, в Саратове – Богородичный и Крестовоздвиженский монастыри, в Чёрном Яру и Красном Яру было только по соборной церкви. Несмотря на малочисленность, уже в то время монастыри и храмы Астраханской епархии превратились в центры духовного просвещения края. На богомолье в Астрахань и Царицын приезжали не только жители окрестных поселений, но и казаки, христиане из Закавказья. Духовенство Астраханской епархии развернуло активную миссионерскую деятельность среди степняков. В мае 1656 г. на Астраханскую кафедру был хиротонисан архимандрит астраханского Троицкого монастыря Иосиф. В мае 1667 г. на Большом Соборе обсуждался вопрос об учреждении в России митрополичьих округов и увеличении числа епископий. Особое внимание было уделено Астраханской епархии, её архиерею был дарован сан митрополита с предоставлением права облачаться в саккос и права совершать шествие на осляти в Неделю ваий. В 1671 г., когда Астрахань была захвачена восставшими казаками под предводительством Степана Тимофеевича Разина, митрополит Иосиф обратился к горожанам с призывом покаяться и принести повинную царю. Захватив митрополита, повстанцы после жестоких пыток казнили его. С конца XVII в. священномученик Иосиф наряду с игуменом Кириллом, основателем астраханского Свято-Троицкого монастыря, почитались в крае как местночтимые святые. В 1672 г. царь Алексей Михайлович лишил астраханское духовенство ряда льгот и возложил на него часть государственных расходов: в казну должны были идти пошлины с митрополичьих рыбных ловель, с ловель Троицкого, Преображенского, Вознесенского монастырей и причта соборной церкви; митрополит, монастыри и соборное духовенство должны были подтвердить свои права на ловли и промыслы.