В 1919 г. началась кампания по очистке края от контрреволюционных сил, в ходе которой были расстреляны причт и совет церкви села Карантинного (11 человек), староста астраханской Владимирской церкви, 23 июня расстреляли архиепископа Митрофана и епископа Леонтия. Епископов обвинили в причастности к контрреволюционной группе «Цианистый калий», которая якобы имела цель отравить военное руководство города и часть личного состава воинских частей. До назначения правящего архиерея патриарх Тихон возложил управление Астраханской епархией на викарного Енотаевского епископа Анатолия (Соколова). После перевода в марте 1920 г. на Астраханскую кафедру архиепископа Палладия (Соколова) епископ Анатолий (Соколов) был назначен епископом Царёвским, спустя три месяца архиепископ Палладий (Соколов) скончался, и епископ Анатолий (Соколов) вновь встал во главе епархии. Проповеди епископа Анатолия (Соколова), в которых он объяснял происходившие в России события как борьбу Бога с антихристом, послужили поводом для обвинения его в подстрекательстве к беспорядкам в отдельных городах и селениях края. Объезд архиереем епархии в 1920 г. закончился акциями гражданского неповиновения, после чего были проведены массовые аресты священнослужителей. В конце 1921 г. на Астраханскую кафедру был назначен архиепископ Фаддей (Успенский), который до апреля 1922 г. оставался в Москве, где был арестован. В начале мая в Астрахани началось следствие по делу епископа Анатолия (Соколова), ключаря кафедрального собора Дмитрия Стефановского и др., обвинённых в сопротивлении изъятию церковных ценностей. В июле 1922 г. епископ Анатолий (Соколов) уклонился в обновленчество и создал раскольнический «епархиальный совет». Обновленцы при поддержке властей заняли часть храмов епархии. В июне 1923 г. общегородское собрание духовенства и мирян постановило считать епископ Анатолия (Соколова) отпавшим от православной церкви и прервать с ним общение, в ответ епископ запретил большинство астраханского духовенства в священнослужении. Осенью 1923 г. церковноприходской совет, в который входили представители всех православных общин Астрахани, направил прошение патриарху Тихону с просьбой назначить другого епископа. В конце 1923 г. архиепископ Фаддей (Успенский), вернувшись из заключения, приехал в Астрахань. К 1924 г. в его подчинении находилось всего десять храмов, остальные были в руках обновленцев. Пустующие обновленческие храмы власти начали закрывать и сносить. Соборным храмом архиепископа Фаддея (Успенского) стала церковь во имя св. равноапостольного князя Владимира, Покровская церковь была крестовой. Владыка оказывал на верующих в это трудное время огромное нравственное влияние, участвовал в проводившихся в Астрахани в 1924–1925 гг. публичных диспутах на тему «Есть ли Бог?». После ссылки в ноябре 1926 г. архиепископа Фаддея (Успенского) в город Кузнецк Саратовской области Астраханской епархией временно управлял Енотаевский епископ Стефан (Гнедовский). В 1928 г. на кафедру был назначен вернувшийся из обновленчества Смоленский епископ Филипп (Ставицкий), в следующем году возведённый в сан архиепископа. 13 сентября 1929 г. архиепископ Филипп (Ставицкий) и пять астраханских священнослужителей были арестованы по обвинению в контрреволюционном заговоре и в марте 1930 г. сосланы.