В 1929–1931 гг. епархией временно управлял Вольский епископ Андрей (Комаров), объявивший войну «фаддеевщине» и «филипповщине» и прекративший возношение за богослужением имени правящего архиепископа Филиппа (Ставицкого). Действия епископа Андрея (Комарова) вызывали протесты со стороны верующих, несколько раз не допускавших архиерея в храмы, архиепископ Филипп (Ставицкий) запретил епископу Андрею (Комарову) служить в Астраханской епархии. С сентября 1930 г. по февраль 1931 г., когда епископ Андрей (Комаров) находился под арестом, епархией управлял Енотаевский епископ Алексий (Орлов). В 1933 г. Андрей (Комаров) был назначен епископом Астраханским, в 1934 г. возведён в сан архиепископа. В 1935 г. он был обвинён в злостной неуплате налогов и приговорён к штрафу, после суда устранился от управления епархией и вскоре уволился на покой. Астраханская кафедра осталась вдовствующей. В 1930 гг. в Астрахани были снесены: старый собор Рождества Богородицы, церкви Воздвиженская, Смоленская, Троицкая, в честь сошествия Святого Духа, во имя св. Афанасия Афонского, единоверческая Вознесенская, Никольская, церковь в Спасо-Преображенском монастыре, колокольня в Благовещенском монастыре. Снесено несколько глав и колокольня Казанской церкви, Знаменская церковь переделана под хлебозавод, церковь во имя святителя Николая Гостинского – под архив, в церкви Павла Исповедника разместился народный суд, архиерейский дом в кремле с 1930 гг. использовался как Дом офицеров, с колокольни кремля в 1934 г. был снят крест. В 1942–1943 гг. Астраханской и Камызякской епархией временно управлял архиепископ Саратовский и Сталинградский Григорий (Чуков). В 1943 г. на Астраханскую кафедру из ссылки вернулся архиепископ Филипп (Ставицкий), в соответствии с определением Священного Синода от 26 июня 1944 г. принявший в церковное управление также Сталинградскую область, в которой насчитывалось 16 православных церквей и молитвенных домов; архиепископ Филипп (Ставицкий) стал именоваться Астраханским и Сталинградским. В июле 1945 г. его стараниями в разрушенном Сталинграде возобновились богослужения в Казанской церкви, в 1945 г. в Сталинградской области насчитывалось 25 действующих церквей и молитвенных домов, в 1947 г. – 42. Серьёзным препятствием для возрождения храмов был недостаток священнослужителей. Сбор средств в фонды обороны страны, в фонды помощи инвалидам войны и детям-сиротам был одним из основных направлений патриотической деятельности духовенства епархии как в военные, так и в послевоенные годы. В 1947 г. по решению Совета по делам РПЦ взимание церковных средств на патриотические цели прекратилось. Желая подтвердить свою готовность к оказанию помощи государству, в 1948 г., накануне выпуска госзайма, архиепископ Филипп (Ставицкий) разослал всем настоятелям церквей телеграммы с призывом принять активное участие в подписке на заём, в результате храмы епархии сдали свои облигации в фонд государства. 15 июля 1959 г. Сталинградская область была отделена от Астраханской епархии и присоединена к Саратовской, Астраханские архиереи стали вновь именоваться Астраханскими и Енотаевскими. В 1960–1980 гг. Астраханская и Енотаевская епархия была одной из самых маленьких русских епархий, число приходов не достигало 20 (в 1988 г. – 15), большинство священников были людьми немолодыми.