В Апологии утверждается, что лютеране «в наивеличайшей мере склонны содействовать сохранению древнего устройства церкви и правления епископов», однако и епископы должны «проявлять терпимость в отношении нашего учения», но пока этого не происходит, «должны мы сих епископов оставить и повиноваться больше Богу». Далее отмечается три способа почитания лютеранами святых: 1) благодарить Бога за то, что Он дал церкви святых, учителей и иные дары; 2) вдохновляясь примером святых, укреплять свою веру; 3) почитать святых – значит следовать (каждый по своему призванию) «примеру их веры, их любви, их долготерпения». Представление, что каждый святой помогает по молитве, объявлено языческим. Молитва же за церковь, обращённая к святому как к ходатаю, может оказаться напрасной, хотя «Аугбургского исповедания апология» допускает, что святые могут ходатайствовать за церковь, единственное свидетельство в Священном Писании об этом во Второй книге Маккавейской (15:14) лютеране считают сомнительным, поскольку там описано видение Иуды Маккавея. Защищая брак священников, «Аугбургского исповедания апология» ничего не говорит о безбрачии епископата, признаёт, что целомудрие – дар более высокий, чем супружество, однако оно не даёт никакого преимущества в оправдании грехов: «...Девственник в силу своего дара не более праведен пред Богом, нежели состоящие в браке..., но каждый должен верно служить посредством дара своего». Монашество, рукоположение, епископский целибат не признаются необходимыми. Одобряются те монахи, которые «уяснили: их деяния делают их благочестивыми пред Богом ничуть не более, нежели дела других сословий». По положениям, сформулированным в артикулах 27 и 28, дискуссия не состоялась: в Апологии констатировали, что И. Экк в «Конфутации» подменил предмет обсуждения, и поэтому необходимо заново, более точно и остро, сформулировать обсуждаемые вопросы, например: «Имеют ли епископы полномочия для издания законов вне Евангелия, полномочия, чтобы повелевать и соблюдать их как богослужения с целью заслужить при их посредстве вечную жизнь?». Такой приём знаменовал собой начало значительного совершенствования богословской полемики, которое было продолжено Мартином Хемницем и классиками лютеранской схоластической ортодоксии Иоганном Герхардом, Абрахамом Каловом и Иоганном Андреасом Квенштедтом. Характерная для лютеранства демаркационная линия между тем, что христианам обещано в Царствии Небесном, и тем, что от них требует Бог в земной жизни, проведена в Апологии чётче, чем в «Аугсбургском исповедании». Акцент на этом был сделан сознательно. Хотя «Конфутация» не возражала против артикула 16 «Аугсбургского исповедания» и приняла его даже «с удовольствием», в артикуле 16 Апологии содержится полемика с радикальными протестантами, особенно с Андреасом Рудольфом Карлштадтом (1480–1541 гг.), его взгляды приравниваются к воззрениям католических монахов: те и другие «смешивали воедино царство светское и Царствие духовное, из-за чего происходило непотребство многое». Ф. Меланхтон искренне заявлял, что «не следует считать, будто приятны нам споры и расколы... Ни удовольствия, ни радости... не имеем от сего ужасного разлада», однако он твёрдо заявлял, что «Бог не желает, чтобы жизнь и бытие были несуразны, дики, дерзки», и полемизировал именно ради преодоления «непотребства многого».