В начале XVII в. среди протестантских богословов и гебраистов развернулась дискуссия о природе и древности масоретской вокализации, значение которой вышло за пределы филологии. Еврейский филолог Элияху Левита первым показал, что знаки вокализации и акцентуации еврейского текста Библии появились не вместе с консонантными знаками, а значительно позже, после завершения Талмуда, т.е. не раньше V в. н.э. Это утверждение было оспорено швейцарским гебраистом и богословом Иоганном Буксторфом (1564–1629 гг.) в сочинении «Tiberias, sive Commentarius Masoreticus» («Тивериадская система, или Масоретский комментарий»; 1620 г.). Французский богослов-гугенот Л. Каппеллус (1585–1658 гг.) опубликовал сочинение «Arcanum punctationis revelatum» (1624 г.), в котором приводились доводы в пользу поздней датировки масоретских знаков вокализации и акцентуации. C опровержением этих доводов выступил Йоханн Буксторф Младший (1599–1664 гг.) в сочинении «Tractatus de punctorum vocalium et accentuum…» («Трактат об огласовках и ударениях....»; 1648 г.). Для отца и сына Буксторфов и их сторонников на первом плане стоял вопрос о богодухновенности масоретских знаков. В 1675 г. Гельветическое согласие (догматический документ Реформатской церкви Швейцарии) признало знаки для гласных богодухновенными. Вопрос об авторитете и датировке масоретских знаков не был окончательно решён ещё в середине XVIII в. Так, видный немецкий ориенталист и гебраист И. Михаэлис посвятил одно из сочинений – «De punctuorum hebraicorum antiquitate…» («О древности еврейских огласовок», 1739 г.) – защите древности и богодухновенности знаков для гласных, а один из главных представителей еврейского Просвещения, философ М. Мендельсон (1729–1786 гг.), всё ещё придерживался традиционной точки зрения. До середины XVII в. европейские христианские грамматики еврейского языка, в основном, опирались на еврейскую грамматическую традицию. По мере накопления европейскими гебраистами собственного опыта грамматических описаний, появления новых данных, прежде всего, привлечение родственных семитских языков (арабского, арамейского, эфиопского), составлялись самостоятельные христианские грамматики и писались исследования еврейского языка. В XVIII в. изменился статус еврейского языка как совершенно уникального древнейшего языка, к которому неприложимы методы сравнительного языкознания. Один из авторитетнейших арабистов и гебраистов первой половины XVIII в., Альберт Шультенс, отстаивал древнейший характер еврейского языка, изучение арабского языка считал вспомогательным средством для изучения еврейского языка. Он и его последователь Н.В. Шрёдер написали первые сравнительные грамматики еврейского языка. Основы современной гебраистики заложены немецким учёным Вильгельмом Гезениусом.