Через несколько дней митрополит Вениамин благословил открытие при лавре «питательного пункта для голодающих на средства богомольцев Св. Духовской и Крестовой церквей и при участии представителей тех и других». Однако соглашение, заключённое 6 марта, не было реализовано. К вечеру 7 марта стало известно, что изъятие церковных ценностей происходит из закрытых домовых церквей на основании декрета, без ограничений. В газетах началась разнузданная кампания против «князей церкви». Митрополит Вениамин 12 марта послал в Смольный заявление, где выражал сомнение, что все пожертвованные святыни будут употреблены на помощь голодающим, говорил о крайности этой меры и обязательности благословения патриарха на неё, о необходимости относительной самостоятельности церкви в данном вопросе. Послание завершалось предупреждением: «Если бы слово мое о предоставлении Церкви права самостоятельной помощи голодающим на изъясненных в сем основаниях услышано не было и представители власти, в нарушение канонов Святой Церкви, приступили бы без согласия ее архипастыря к изъятию ее ценностей, то я вынужден буду обратиться к верующему народу с указанием, что таковой акт мною осуждается как кощунственно-святотатственный, за участие в котором миряне по канонам Церкви подлежат отлучению от Церкви, а священнослужители – извержению из сана». Митрополит Вениамин 13 марта подписал документ, в котором содержалось руководство для духовенства, как поступать при «посещении действующих и закрытых храмов разными лицами для проверки храмовых описей и даже изъятия священных предметов». Большой президиум губисполкома 14 марта постановил «обязать комиссию по изъятию церковных ценностей не позже, чем в недельный срок, приступить к изъятию». Ответственным был назначен бывший председатель петроградской ЧК Иван Петрович Бакаев (1887–1936 гг.). Положение обострилось инцидентом 15 марта у Казанского собора, где с ведома митрополита Вениамина при большом стечении народа были оглашены известия о шуйской трагедии и послание патриарха с предостережением от повторения подобного. На следующий день на Сенной площади произошло столкновение членов комиссии по изъятию церковных ценностей с верующими. На заседании Петроградского совета 20 марта говорилось, что церковь хочет использовать свою организацию «для антисоветских целей», а митрополит Вениамин «встал на путь борьбы против правительственного декрета». В газетах 24–25 марта было опубликовано провокационное «Воззвание группы священников» («Письмо 12-ти»), в котором содержались призывы жертвовать все церковные ценности на нужды голодающих и обвинения духовенства в контрреволюционности и равнодушии к страданиям народа. Митрополит Вениамин решился на крайнее средство: поручил ведение переговоров с властью Александру Ивановичу Боярскому (1885–1937 гг.) и Александру Ивановичу Введенскому, подписавшими это письмо. Новое соглашение было подписано 6 апреля, за приходами сохранялось право выкупа подлежащих изъятию ценностей. Однако деятельность Боярского и Введенского, открыто поддерживавших власти, во многом осложнила положение, и 10 апреля на собрании петроградского клира митрополит Вениамин обвинил их в предательстве, сказав, что священников арестовывают по их вине. С конца апреля процесс изъятия церковных ценностей охватил всю губернию (раньше во многие храмы было трудно добраться из-за весенней распутицы). Митрополит 10 апреля обратился с воззванием «К петроградской православной пастве», где говорилось: «Если гражданская власть ввиду огромных размеров народного бедствия сочтёт необходимым приступить к изъятию и прочих церковных ценностей, в том числе и святынь, я и тогда убедительно призываю пастырей и паству отнестись по-христиански... Со стороны верующих совершенно недопустимо проявление насилия в той или другой форме... При изъятии церковных ценностей, как и во всяком церковном деле, не может иметь место проявление каких-либо политических тенденций. Церковь по существу своему вне политики и должна быть чужда ей». Патриарх Тихон (Белавин) был арестован 9 мая 1922 г., назначив своим распоряжением от 12 мая митрополита Вениамина вторым кандидатом на временное возглавление Русской церкви.