21 декабря 1918 г. и 21 марта 1919 г. он обращался в Синод с ходатайством о скорейшем разрешении вопроса о положении церквей бывшего Военного ведомства, и 12 апреля 1919 г. последовал указ Синода о передаче церквей Военного и Морского ведомств в епархиальное управление. По ходатайству митрополита Вениамина в начале сентября 1919 г. в ведение Петроградского епархиального начальства были переданы также синодальные подворья, церкви бывших синодальных учреждений и подворья других епархий. Ещё в марте 1918 г. при митрополите и епископском совете начало работу особое бюро, которое должно было собирать сведения о безработном духовенстве и предоставлять места в больших приходах Петрограда, а осенью 1918 г. было образовано частное совещание из представителей Петроградского комиссариата юстиции и епархиального совета. Епархиальный совет проводил собрания с петроградскими благочинными, на которых разъяснялась инструкция о порядке проведения в жизнь декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», вырабатывались способы возможно безболезненного для церкви его осуществления. На собрании 28 ноября в присутствии митрополита Вениамина было решено «для более спокойной и энергичной деятельности рекомендовать приходским советам зарегистрировать свои приходы, поручив протоиерею Михаилу Чельцову составить однообразный проект Устава для приходских общин». По его предложению обсуждался также вопрос об оживлении пастырско-приходской деятельности в Петрограде, было рекомендовано «для поднятия религиозного настроения верующих и объединения их в молитве устраивать вечерние торжественные богослужения с произношением кратких поучений с присутствием всего духовенства благочиния... за праздничным всенощным бдением прочитывать на русском языке положенные по уставу прологи и святоотеческие творения... по возможности за всеми богослужениями поучать верующих изустным словом». Митрополит Вениамин в конце 1918 г. и в феврале 1919 г. направил в СНК две докладные записки, под влиянием которых был выпущен «Циркуляр по вопросу об отделении церкви от государства» (опубликованы в «Известиях» 5 февраля 1919 г.), несколько ограждавший общины от злоупотреблений и произвола на местах. В августе 1918 г. был арестован настоятель Казанского собора протоиерей Философ Орнатский, ещё несколько клириков погибли во время «красного террора». Митрополит Вениамин 9 августа направил в епархиальный совет предложение установить нарочитое церковное моление «о сущих в темнице». В указе Петроградского епархиального совета от 16 августа 1919 г. были изложены меры по обеспечению семей репрессированных, одобренные Вениамином. Митрополит и епархиальный совет предприняли немало усилий, чтобы как можно скорее вернуть на места службы духовенство, мобилизованное и привлечённое к принудительным работам в связи с усилением гражданской войны. В результате последовали распоряжения властей об освобождении духовенства от мобилизации под различными предлогами, а 1 августа 1919 г. городской отдел юстиции уведомил митрополита Вениамина об освобождении духовенства от привлечения к общественным работам. С начала 1918 г. в Петрограде стали часто совершаться ночные богослужения, в которых принимал участие митрополит Вениамин; Великим постом во всех храмах Петрограда по его благословению служились пассии. Поскольку в 1918 г. празднование 1 мая приходилось на Великую среду, в соответствии с постановлением Поместного собора от 20 апреля Вениамин призвал духовенство и всех православных не участвовать в государственном празднике. Он отдал распоряжение, чтобы в пасхальную ночь заутреню служили не только во всех храмах, но и на площадях перед церквами, где по местным условиям это возможно. Подъём религиозных чувств жителей Петрограда вылился в общегородские крестные ходы Пасхальной недели, ставшие затем традиционными. Устраивался также детский крестный ход в Александро-Невскую лавру, где митрополит служил молебен и благословлял детей. В Светлую пятницу по распоряжению митрополита в Петрограде с 1918 г. стало совершаться общегородское празднование в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник».