Митрополит 22 июня 1919 г. в Князь-Владимирском соборе возглавил впервые совершавшуюся службу всем русским святым. Несмотря на тяжёлое время, в епархии удалось освятить несколько новых храмов и приделов. Большое внимание митрополит Вениамин уделял духовному образованию. 26 января 1918 г. он был избран почётным членом Петроградской духовной академии, в декабре того же года прекратившей свою деятельность. Санкт-Петербургская духовная семинария была закрыта 30 сентября 1918 г., но на следующий день открылось Богословско-пастырское училище, которое просуществовало до 1928 г. При активном участии митрополита Вениамина в 1919 г. началась работа по организации Петроградского Богословского института, открывшегося 16 апреля 1920 г., а 28 января 1921 г. он был избран первым почётным членом института. В Петрограде работали также различные богословские курсы, при многих храмах существовали кружки для изучения Закона Божьего, читались лекции о вере. В 1918–1919 гг. в епархии издавался «Петроградский церковный вестник» (с конца 1918 г. – только официальная часть). Чрезвычайно активным и пользовавшимся поддержкой архиерея было братское движение. 12 декабря 1917 г. состоялись выборы в совет Братства приходских советов Петрограда и епархии, которое стало играть важную роль в жизни епархии. Весной 1918 г. митрополит Вениамин благословил создание братства св. Софии, задуманного историком и богословом Антоном Владимировичем Карташёвым (1875–1960 гг.) для объединения православно мыслящей интеллигенции. Братство сложилось только весной 1920 г., было тесно связано с Богословским институтом и просуществовало около года. митрополит Вениамин 15 июля 1918 г. открыл трудовое Александро-Невское братство для выделки свечей (бывший свечной завод). Большую роль в духовной жизни Петрограда в начале 1920 гг. играли митрополичья Крестовая церковь и Александро-Невское братство, созданное в 1919 г. на базе существовавшего в лавре кружка молодёжи. Основой духовной жизни братства, включавшего лаврских монахов и мирян обоего пола, были богослужения. Службы здесь длились дольше, чем в приходских храмах, устав соблюдался более точно, практиковалось строго уставное чтение и общенародное пение; за каждой службой обязательно произносилась проповедь. В своей деятельности по управлению епархией митрополит Вениамин опирался на викариев. При его избрании Петроградскими викариями были епископы Ямбургский Анастасий (Александров), Кронштадтский Мельхиседек (Паевский), Нарвский Геннадий (Туберозов). Вместо Кронштадтского викариатства 17 июня 1917 г. было открыто Ладожское. 30 июля 1917 г. митрополит Вениамин возглавил в Луге хиротонию Артемия (Ильинского) во епископа Лужского. 6 июля 1918 г. умер епископ Анастасий (Александров). Высшее Церковное Управление 23 июня 1919 г. приняло постановление об увеличении числа епископов, однако в связи с тяжёлым положением в Петроградской епархии незадолго до этого (23 апреля) митрополит Вениамин обратился с ходатайством, в котором просил «по причине совершенного разорения Старо-Ладожского Николаевского и Троицко-Зеленецкого монастырей, доставлявших средства викарию Ладожскому, и отсутствия надобности в викарии – достаточно викариев Нарвского и Лужского – Ладожское викариатство закрыть». Патриарх и Синод 26 мая постановили Ладожского епископа Мельхиседека переместить на Слуцкое викариатство Минской епархии, а Ладожское викариатство оставить незамещённым. В конце 1919 г. самостоятельную кафедру получил епископ Геннадий (Туберозов). В 1920 г. был хиротонисан Кронштадтский епископ Венедикт (Плотников), в 1921 г. Казанский собор взял на себя содержание викарного епископа, и новым викарием с титулом Ямбургского в Петроградскую епархию был переведён бывший Тихвинский епископ Алексий (Симанский). Весной 1922 г. последовала хиротония ещё двух викарных епископов – Ладожского Иннокентия (Тихонова) и Петергофского Николая (Ярушевича). В принятом 7 марта/22 февраля 1918 г. Поместным собором определении, касавшемся единоверия, говорилось об учреждении единоверческой Охтинской кафедры в Петроградской епархии.