Так же как и в современной практике некоторых афонских обителей, преподобные отказывались дать вопрошавшим определённое молитвенное правило. Они могли делать это индивидуально, но главная причина в том, что вся жизнь монаха сама должна стать непрестанным правилом. «Не желай получить от меня правила, ибо я не хочу, чтобы ты был «не под законом, но под благодатью» (Рим 6:14)», – писал Варсонофий Великий игумену Иоанну Миросавскому, повторяя, что «Совершенные Отцы наши не имели определённого правила, но в течение дня исполняли своё правило…». Важное место в мировоззрении Иоанна и Варсонофия Великого занимает учение о «молчании» и «безмолвии», которые являются своего рода «апофатическим путём» монашеской жизни. Варсонофий Великий наставлял авву Иоанна, готовящегося к отшельничеству: «Если ты и едва и едва не богословствуешь, то знай, что молчание более достойно удивления и славы». Безмолвию научает Сын Божий, вселяющийся в сердце того, кто устроил храмину своего внутреннего человека: «Он приидет к тебе с благословенным Отцом и Святым Духом… и научит тебя, что есть безмолвие, и просветит сердце твоё неизречённой радостью». Достижение совершенного безмолвия (так же как и совершенной молитвы) возможно после приобретения «бесстрастия», о котором часто писал Варсонофий Великий. По его слову, «Господь наш совершен и всем Своим желает быть совершенными». Достигшие духовного совершенства сподобятся как прижизненного предвосхищения духовных реалий Царствия Небесного, так и посмертного вхождения в него. Продолжая древнюю монашескую традицию, согласно которой подвизающийся возводится в царские чертоги Небесного Царя или на «небо небес», Варсонофий Великий пишет, как подвижник, «наставляемый первым воспламенением» от наития Святого Духа, восходит от первого до седьмого неба, где, подобно апостолу Павлу (2 Кор. 12:2–4), «удостаивается видеть неизречённые и страшные вещи». Основные темы таинственного богословия (единение с Богом и свобода в Нём) в форме, близкой к поэтической, изложены в «Созерцании о букве «ита»»: ««Ита» есть нетленная жертва, принесённая за жизнь мира. И ядущий от неё истинно и сам приносится в жертву и не порабощается умным тлением. Знак сопребывания – слово Спасителя, говорящее, что верующие в Него едины, как и Он во Отце (Ин 17:20–21). Верные, очищенные от страстей, находятся в Сыне и в Самом Отце в единении… Ита есть радость Отца. А радость Отца – Сын. И в Нём радуются лики ангелов. И во имя Его переносили страдания мученики. Имея в Нём дерзновение, подвизаются святые. В Нём отнята от земли клятва. В Нём изглажено рукописание против нас через Его крест, и мы уже не работаем врагу. Освобождённые от него да поработаем «призвавшему нас званием святым» (2 Тим 1:9), «в обновлении духа, а не по ветхой букве» (Рим 7:6), и да станем святыми. Ведь Он говорит: «Будьте святы, как Я свят» (Лев 19:2). Итак, освободившись от этой клятвы, да не станем снова её рабами, но да пребудем в свободе. В одном из последних ответов говорится о горении святости тех, кто достиг совершенства: «Вопрос. Что означает: «Не может укрыться город, стоящий на верху горы?» (Мф 5:14). Ответ. Город – это душа, а гора – возвышенность из добродетелей, на которую те, кто восшёл, «сияют как светила в мире, слово жизни содержаще к похвале их в день Христов» (Фил 2:15–16)». Помимо аскетико-мистического учения в «Ответах» нашли отражение отдельные стороны жизни монашества (в частности, палестинского). Преподобным пришлось принять участие в оригенистских спорах, как известно, получивших своё отражение в так называемой антропоморфитской смуте в Египте (см. Антропоморфисты) и вступивших в VI в. в новый этап. В этих спорах Иоанн и Варсонофий Великий заняли чёткую антиоригенистскую позицию, хотя и не такую жёсткую, как в скором времени монах и историк церкви Кирилл Скифопольский (514/525 – 557/558 гг.). Как видно исследователям из вопроса одного монаха, главным поводом к обсуждению стало вызывавшее наибольший соблазн учение о предсуществовании душ и всеобщем восстановлении.