Из своего затвора (скорее всего, в связи с оригенистскими спорами) Варсонофий Великий, чувствуя неуверенность императора, советовал ему не бояться сильных мира сего и поступать по воле Божьей: «И если истинно то, что сердце царёво в руце Божией, то если пожелаем поступать право, Бог преклонит его к нам». Его иногда путали с акефалом Варсануфием (см. Варсонофиты), и делались предположения, что Варсонофий Великий был монофизитом-акефалом. Впервые это было высказано неким «нечестивым Памфилом, восточного происхождения». О Варсануфии-акефале упоминал писатель-богослов Анастасий Синаит (640–700 гг.), поместив его имя в перечне еретиков-монофизитов после Антиохийского патриарха Петра II Кнафея (около 469–471, 475–476, 478–479, 485–489 гг.; по иным данным – с 465 по 466, с 474 по 475 и в 475 гг.). Исследователям известно также, что последователи Варсануфия-акефала были анафематствованы Иерусалимским патриархом Софронием I (634–638 гг.) в соборном послании 634 г., адресованном Константинопольскому патриарху Сергию I (610–638 гг.), где наряду с другими еретиками они названы «варсануфитами». На первый взгляд, данное предположение исследователей может найти некоторую поддержку, если принять во внимание совет Варсонофия Великого, данный Павлу Отшельнику, следовать Никейскому собору без упоминания о Халкидоне: «...Держись царского пути, говорю, веры трёхсот осмнадцати отцов, в которую ты и крестился: она заключает в себе всё с точностью для тех, кто имеет совершенный образ мысли». Византийский писатель и церковный деятель Феодор Студит (759–826 гг.), защищая преподобных Варсонофия Великого, Исаию и Дорофея от обвинений в монофизитстве, в согласии с Константинопольским патриархом Тарасием (784–806 гг.) и другими восточными Отцами, писал в своём завещании: «В учении их я не нашёл ничего нечестивого, напротив, большую душевную пользу». В качестве вещественного доказательства церковного признания Варсонофия Великого Феодор Студит указал на то, что его изображение находилось на облачении престола Святой Софии вместе с изображениями преподобных Антония Великого, Ефрема Сирина и др. Что касается умолчания Халкидонского собора, то оно могло быть связано с нежеланием Варсонофия Великого принимать участие в богословских спорах. Он писал (имея в виду оригенизм и полемику с ним): «Горе нашему роду! Что мы оставили и что исследуем! …Небеса ужасаются, о чём любопытствуют люди! Земля сотрясается, как они хотят исследовать непостижимое!» После смерти аввы Серида Варсонофий Великий ушёл в полный затвор и не принимал никого, в том числе и нового игумена Елиана, отказывался от пищи и не отвечал на вопросы. В то время он был уже ветхим старцем и вскоре скончался. О дате его смерти существуют разные предположения. Как передаёт Евагрий Схоластик, люди верили, что Варсонофий Великий «живёт в затворе в малой келье, хотя он в течение 50 и более лет никому не показывался и ничего не принимал земного». Пишут, что когда усомнившийся в этом Иерусалимский патриарх Евстохий (552–563/564 гг.) велел раскопать келью, «где затворился человек Божий», оттуда вырвался огонь и «едва не попалил всех там бывших». Предполагают, что великий старец умер или незадолго до раскапывания кельи, или в скором времени после этого от истощения телесных сил. Кончина Варсонофия Великого, последовавшая, согласно латинскому житию, вскоре после его возвращения из Константинополя, чаще всего датировалась 563 г. При этом авторы жития исходили из времени патриаршества Евстохия и участия Варсонофия Великого в посольстве к императору Юстиниану I. Другая датировка смерти преподобного обусловлена тем, что указанные Евагрием 50 лет можно толковать как срок, прошедший до времени написания его «Церковной истории», – 594 (или 597) г. При вычитании из 594 г. 50 лет выходит, что преподобный скончался около 544 г. (М. Лекьен, учитывая год кончины преподобного Иоанна Пророка, предлагает ещё более раннюю датировку кончины Варсонофия Великого – 540 г.). В IX в. его мощи были перевезены из Газы в г. Ория (Апулия, Южная Италия), где они были торжественно встречены Отрийским епископом Феодосием и положены в древней базилике возле врат. После разрушения базилики арабами о мощах долгое время не было никаких сведений. В 1170 г. они были обнаружены и перенесены в кафедральный собор, где до сих пор хранится их частица (именно в связи с последним обретением мощей и была составлена латинская версия жития преподобного).