В послании излагались обстоятельства взаимоотношений с советским руководством после принятия декрета о свободе совести, когда представители Собора просили отменить ряд его решений, а «власть обещала..., что будет создана особая комиссия, включающая представителей всех вероисповеданий, которая будет заниматься этими вопросами», однако «за истекшее полугодие все ожидания в этом направлении рассеяны самой советской властью». Как заявлялось в патриаршем и соборном послании, принятие инструкции по проведению в жизнь декрета «Об отделении Церкви от государства...» являлось нарушением обещания выслушать представителей церкви. По мнению патриарха Тихона (Беллавина) и Собора, данная инструкция «ставит Православную Церковь пред лицом неизбежного исповедничества и мученичества, а российскую коммунистическую власть обрисовывает как власть, сознательно стремящуюся к оскорблению народной веры, очевидно, в целях её уничтожения». Обращение патриарха Тихона (Беллавина) и Собора к СНК осталось без ответа. Против Инструкции от 24 августа 1918 г. совместно с православной церковью впервые выступили и представители других конфессий, однако их протесты также не были услышаны властями. Хотя Инструкция НКЮ и давала разъяснения по поводу реализации положений декрета «Об отделении церкви от государства...», некоторые ключевые проблемы во взаимоотношениях государства и конфессиональных организаций остались в ней нераскрытыми. Инструкция определяла порядок оформления и регистрации договоров местных властей о предоставлении молитвенных зданий в пользование религиозным обществам, однако положение о регистрации самих этих обществ отсутствовало. В инструкции перечислялись обязанности религиозных обществ по содержанию своего храма, но не было сказано о правах общин верующих и священнослужителей (кроме права отдельных членов религиозных обществ устраивать складчину для удовлетворения религиозных потребностей). В Инструкции ничего не говорилось о праве верующих на беспрепятственное проведение в храмах богослужений, на свободное произнесение проповедей. На практике местные власти нередко препятствовали службам в храмах, запрещали произносить любые проповеди, объявляя их агитацией. Поскольку в наиболее напряжённый период гражданской войны, исход которой оставался тогда неопределённым, грубые антицерковные акции часто приводили к антибольшевистским выступлениям, советское руководство пошло на корректировку если не самого религиозного законодательства, то практики его применения. 3 января 1919 г. НКЮ принял циркуляр «По вопросу отделения церкви от государства», опубликованный только через месяц, 5 февраля того же года. В циркуляре местным властям предписывалось воздерживаться от репрессивных мер в отношении духовенства и мирян и от оскорбления их религиозных чувств: «...Не следует проявлять в действиях агентов власти чувства гнева и презрения к вековому пособнику всякой эксплуатации, каким в истории являлось всякое духовенство в целом». Рекомендовалось избегать кощунственных действий в храмах, проводить там обыски только в присутствии представителей духовенства и мирян; объявлялись противозаконными запреты проповедей на религиозные темы, а также на добровольные сборы, проводимые религиозной общиной на нужды своего храма.