12 января письмо митрополита Вениамина (Казанского) было рассмотрено на заседании малого СНК. В.И. Ленин написал на тексте обращения резолюцию руководству НКЮ, предложив ускорить разработку декрета. В тот же день один из авторов законопроекта М.А. Рейснер выступил в газете «Известия ВЦИК» со статьёй «Разделение церкви и государства», в которой провёл сравнение будущего декрета с законодательствами Франции и США, утверждая, что советская власть в разработке правовой основы своей религиозной политики «лишь следует тем образцам, которые выработаны европейской и американской демократией и лишь объединены в русском проекте». М.А. Рейснер намеренно вводил читателей в заблуждение. Хотя очень радикальный для своего времени французский закон «Об разделении церквей и государства» от 9 декабря 1905 г. действительно послужил образцом для религиозного законодательства большевиков, он принципиально отличался от советского декрета тем, что сохранял за религиозными организациями во Франции права юридического лица. Что же касается приводимых М.А. Рейснером в качестве примера ограничений в законах ряда американских штатов, фактически лишавших некоторые религиозные организации прав юридического лица, то речь в них шла об определённых сектах, но не об основных конфессиях. 20 января (2 февраля) 1918 г. СНК рассмотрел на заседании проект декрета «О свободе совести, церковных и религиозных обществах», состоявший из 13 статей. Из членов комиссии, разработавшей законопроект, присутствовали П.А. Красиков и П.И. Стучка как члены Коллегии НКЮ; по неизвестной причине на заседании по рассмотрению важнейшего закона, затрагивавшего сферу образования, отсутствовал руководитель комиссии – нарком просвещения А.В. Луначарский. В ходе обсуждения председатель СНК внёс несколько изменений в текст документа, что впоследствии дало основание советской историографии именовать декрет «ленинским». В.И. Ленин, в частности, изменил формулировку первой статьи. В первоначальном варианте было записано: «Религия есть частное дело каждого гражданина Российской Федерации»; в ленинской редакции её заменила фраза: «Церковь отделяется от государства». Во второй статье декрета говорилось о запрете местным властям издавать постановления, которые ограничивали бы свободу совести или устанавливали преимущества на основании религиозной принадлежности. В третьей статье декларировалось право граждан исповедовать любую религию или не исповедовать никакой; отменялись все правовые ограничения, связанные с исповеданием или неисповеданием веры. В.И. Ленин дополнил это положение фразой об исключении из всех официальных документов указаний на религиозную принадлежность граждан. Статья 4 накладывала запрет на религиозные обряды и церемонии во время государственных и публичных общественных мероприятий. Статья 5 гарантировала свободное исполнение религиозных обрядов, поскольку они не нарушали общественного порядка и не сопровождались посягательствами на права граждан. Статья 6 запрещала уклоняться от исполнения гражданских обязанностей, ссылаясь на религиозные воззрения. В отдельных случаях замена одной обязанности на другую допускалась по решению народного суда (речь, очевидно, шла о замене военной службы альтернативной гражданской).