Издаваемый Александром Алексеевичем Измайловым «Петроградский голос» считал принятие декрета поспешным и указывал на его внутренние противоречия, в частности – между статьёй 13, лишавшей религиозные объединения юридических прав, и статьёй 10, в которой религиозные общества приравнивались к частным союзам, имевшим юридические права. Вызывал недоумение и тот факт, что закон по важнейшему вопросу был принят ограниченным кругом лиц без серьёзного обсуждения как простое правительственное постановление, без утверждения ВЦИК – высшего советского законодательного органа. 20 января 1918 г., в день принятия СНК «ленинского» декрета, патриарх Тихон (Беллавин) сказал в приветственном Слове перед открытием второй сессии поместного Собора Православной Российской церкви 1917–1918 гг., что в период между соборными сессиями советское правительство «обратило неблагосклонное внимание на Церковь Божию» и «выпустило ряд декретов, которые начинают приводиться в исполнение и нарушают основные положения нашей Церкви» (речь шла не о декрете «О свободе совести, церковных и религиозных обществах», до утверждения которого СНК оставалось ещё несколько часов, а о более ранних правовых актах советской власти). Патриарх призвал Собор обсудить и решить, «как отнестись к этим декретам, как им противоборствовать, какие меры предпринять». Когда поместному Собору стало известно о новом законе, определявшем положение церкви в Советской России, его реакция оказалась быстрой и решительной. На соборном заседании 25 января (7 февраля) 1918 г. был рассмотрен вопрос об отношении к декрету. По итогам обсуждения было принято соборное постановление, в котором говорилось: «Лица, власть имеющия, дерзновенно покушаются на самое существование Православной Церкви. Во исполнение этого сатанинскаго умысла, ныне советом народных комиссаров издан декрет об отделении Церкви от государства, коим узаконяется открытое гонение как против Церкви Православной, так и против всех религиозных обществ христианских и нехристианских. Не гнушаясь обманом, враги Христовы лицемерно надевают на себя личину ревнителей полной религиозной свободы. Приветствуя всякое действительное расширение свободы совести, Собор в то же время указывает, что действием упомянутого декрета свобода Церкви Православной, а равно и свободы всех вообще религиозных союзов и общин превращаются в ничто. Под предлогом «отделения Церкви от Государства» совет народных комиссаров пытается сделать невозможным самое существование церквей, церковных учреждений и духовенства». Далее в постановлении давался разбор основных положений декрета, которые, по мнению Собора, угрожали уничтожением в стране самой возможности богопочитания и богослужения. На основании вышеизложенного Собор постановил: «1. Изданный Советом Народных Комиссаров декрет об отделении Церкви от государства представляет собою, под видом закона о свободе совести, злостное покушение на весь строй жизни Православной Церкви и акт открытого против неё гонения. 2. Всякое участие как в издании сего враждебного Церкви узаконения, так и в попытках провести его в жизнь несовместимо с принадлежностью к Православной Церкви и навлекает на виновных кары вплоть до отлучения от Церкви».