Однако большевистское руководство уже взяло курс на построение не внеконфессионального, а антирелигиозного государства. 11 декабря 1917 г. по решению СНК была образована Комиссия по вопросам отделения церкви от государства. В её состав вошли нарком просвещения Анатолий Васильевич Луначарский и руководящие сотрудники Народного комиссариата юстиции (НКЮ) Пётр Ананьевич Красиков, Пётр Иванович Стучка и профессор Михаил Андреевич Рейснер. В качестве консультанта в работе комиссии участвовал и священник М.В. Галкин. В течение последующих недель первоначальный текст был кардинально переработан. Законопроект комиссии состоял из 13 статей. В этом документе уже не было многих предложений М.В. Галкина (о создании «Комиссариата культа», переходе на новый календарный стиль, ношении священниками светской одежды и др.), но появились новые пункты: о запрете на проведение религиозных обрядов во всех государственных учреждениях; об отмене религиозной клятвы и присяги; о признании незаконными взысканий церковных сборов. Серьёзные изменения произошли в вопросе преподавания Закона Божия в школах. Если М.В. Галкин предлагал сделать его необязательным, то в законопроекте комиссии говорилось о полной отмене преподавания религиозных предметов в учебных заведениях. Самыми важными в законопроекте были разделы, меняющие всю концепцию конфессионального законодательства в стране. Согласно проекту комиссии, церковные и религиозные общества лишались права владения собственностью и не могли иметь прав юридического лица; всё имущество церковных и религиозных обществ с момента издания декрета считалось национализированным; имущество церковных приходов переходило в ведение органов волостного, земского и городского самоуправления; церковные здания должны были предоставляться для общественного богослужения лишь с разрешения государственных представителей по заведованию религиозным имуществом. По не выясненной до сих пор причине содержание разрабатываемого закона стало достоянием общественности. 31 декабря 1917 г. он был опубликован в правоэсеровской, т.е. оппозиционной большевикам, газете «Дело народа». Документ сопровождала короткая редакционная заметка, что данный проект рассматривается СНК и в скором времени будет передан на утверждение Всероссийского центрального исполнительного комитета (ВЦИК). Текст документа перепечатали и другие издания. 10 января 1918 г. Петроградский митрополит Вениамин (Казанский) направил в СНК обращение: «В газете “Дело народа” за 31 декабря минувшего 1917 года и в других был напечатан рассмотренный Советом Народных Комиссаров проект декрета по вопросу об отделении Церкви от Государства. Осуществление этого проекта угрожает большим горем и страданиями православному русскому народу. Считаю своим долгом сказать людям, стоящим в настоящее время у власти, предупредить их, чтобы они не приводили в исполнение предполагаемого проекта декрета об отобрании церковного достояния. Православный русский народ никогда не допускал подобных посягательств на его святые храмы. И ко многим другим страданиям не нужно прибавлять новых. Думаю, что этот мой голос будет услышан, и православные останутся со всеми их правами – чадами Церкви Христовой».