Так, в 1214 г. по требованию императора Феодора Николай Месарит вновь отправился в Константинополь и просил кардинала Пелагия прекратить преследовать православных константинопольских монахов, но получил отказ, а также очередное предложение императору Феодору стать «верным сыном» католической церкви. В 1223 г., сразу после вступления на престол, патриарх Герман II направил приветственное письмо монахам константинопольского монастыря Иоанна Крестителя в Петре, ободряя их в неизменной твёрдости в отстаивании своей веры перед латинской властью. Наиболее сложно складывались отношения Никейской империи с греческими регионами Балкан, где после 1204 г. сохранилась власть местных византийских магнатов, и существовали православные епархии. Эпирский деспотат и его епархии долгое время пытались противостоять намерениям церкви в Никее сохранять свою юрисдикцию над этими землями. В 1219–1220 гг. из Никеи в Эпир было направлено церковное посольство, которое предложило созвать в Никее Собор и от его имени начать переговоры с Римской курией о ситуации с Латинской империей. Митрополит Навпактский Иоанн Апокавк, наиболее влиятельный среди церковных лидеров Балкан, ответил отказом, ссылаясь на опасность путешествия в Никею для иерархов из Греции, отделённой от Никейской империи владениями латинян. В то же время в Никее стало известно, что в Эпире совершаются епископские хиротонии без согласования с патриархией. Это вызвало протест иерархов Константинополя. В 1222 г. патриарх Мануил I Сарантин отправил письмо Иоанну Апокавку, в котором требовал прекращения подобной практики и обвинил его в стремлении отделиться от Константинопольской церкви. Это противостояние достигло пика в середине 1220 гг., когда в захваченной эпиротами Фессалонике Охридский архиепископ Димитрий II Хоматиан короновал правителя Эпира Феодора Комнина Дуку короной императора ромеев. В 1225 г. Собор епископов Эпирского государства в послании в Никею потребовал от патриарха Германа II отказаться от вмешательства в церковные дела на Балканах под угрозой возможного перехода их епархий в юрисдикцию Рима. Угроза раскола была снята после того, как в 1230 г. эпироты потерпели поражение от болгар в битве при Клокотнице и лишились большинства прежних завоеваний. В 1231/1232 г. патриарх Герман II отправил новое послание западным епархиям церкви с предложением вернуться в юрисдикцию Константинопольской патриархии в Никее и получил благожелательный ответ. После кратких переговоров единство греческих епархий Балкан и Малой Азии было восстановлено; в 1238 г. патриарх Герман II совершил пастырскую поездку в эти регионы. Примирение позволило в 1234 г. провести крупнейший в истории Никейской империи Собор, который в течение нескольких месяцев заседал в Никее и Нимфее. Собор продемонстрировал единство Константинопольской церкви делегации латинских послов, которые предлагали определить условия унии с Римом. На консультациях с католиками обсуждали много вопросов, в том числе проблему Filioque.