Весной 1207 г. в Никею из Константинополя прибыл богослов Николай Месарит, прежде пытавшийся быть посредником между греками и латинянами и вынужденный бежать из Константинополя, где нарастало противостояние латинянам. Николай Месарит и многие другие бывшие жители империи разного чина искали в лице Феодора возможного защитника православных (константинопольский ипат философов Димитрий Карик, историк и богослов Никита Хониат, риторы Константин Стильб и Георгий Вардан, а также семьи Никифора Влеммида и Арсения Авториана). Спустя десятилетия Никифор и Арсений будут видными деятелями культуры Никейской империи. Многие интеллектуалы византийского мира, такие как Афинский митрополит Михаил Хониат, были на стороне сопротивлявшегося Феодора, который решился воссоздать основные институты империи и Константинопольской церкви в изгнании на подвластной ему территории Малой Азии. В начале 1208 г. в Никее был созван церковный Собор, 20 марта избравший Константинопольским патриархом Михаила IV Авториана. В день Пасхи, 6 апреля 1208 г., в базилике Святой Софии в Никее патриарх Михаил короновал Феодора как византийского императора. Император Феодор I проводил в Малой Азии политику объединения земель как с помощью военной силы, так и посредством заключения союзных договоров с местными магнатами Феодором Манкафой (правитель Филадельфии и части Лидии), Саввой Асиденом (крепость Сампсон, древняя Приена), Мануилом Маврозомом (Хоны и Лаодикия); они соглашались признать Феодора своим сюзереном. Одновременно Никейская империя вела военные действия против Трапезундской империи, которая под руководством императора Давида I Великого Комнина пыталась расширить свои владения в Западной Пафлагонии, прилегавшей к землям Никейской империи. Давид I Великий Комнин заключил договор с латинянами против никейцев летом 1206 г., но спустя год латиняне вновь вернулись к перемирию с Феодором. Тем не менее, после нескольких лет противостояния, к 1211 г., в руках латинян оказалась большая часть бывшей фемы Опсикий (Восточная Вифиния), а побережье Мраморного моря до Лопадия и Никомидии перешло к Никейской империи. Во время этих походов в Пафлагонии Феодор захватывал в плен и переселял в свои владения большое число жителей. В 1211 г. бывший византийский императора Алексей III Ангел прибыл ко двору султана Кей-Хосрова в Иконий (ныне Конья) и убедил его в необходимости напасть на Никейскую империю, поскольку власть императора Феодора Ласкаря была якобы незаконной. Под этим предлогом сельджуки осадили Антиохию-на-Меандре. Феодор двинул против них немногочисленное войско и одержал решительную победу, причём в поединке убил Кей-Хосрова, а своего тестя Алексея III захватил в плен и отправил в монастырь.