Распад Византийской империи в 1204 г. создал реальную угрозу распада и для Константинопольской церкви, для самого существования единого православного мира. Источниками угрозы оставались как обострившаяся борьба среди государств, претендовавших на наследие Византии, так и резко возросшее влияние Римско-католической церкви на положение христиан в бывших византийских владениях. Спустя несколько лет после падения Константинополя Никейская империя (наряду с Эпирским государством) оказалась среди главных центров сопротивления латинской экспансии, которая была опасна не столько в политическом, сколько в церковном отношении. В документах Собора, проходившего в Никее в 1208 г., впервые в истории православной церкви появились элементы идеологии священной войны, возникшие, скорее всего, как полагают исследователи, под влиянием крестоносцев. Ведущая роль Никейской империи в этой борьбе с латинянами определилась в 1208 г., после того как официально признанный престол Константинопольского патриархата был воссоздан в Никее, и избранный патриарх Михаил IV Авториан короновал первого императора Никейской империи Феодора I Ласкаря. Таким образом, борьба за сохранение единства церкви и православного мира, стремление к возрождению империи, несмотря на завоевателей, стали главными целями создания Никейской империи, основным пунктом программы её правящего класса, как светского, так и духовного. Присутствие в Никейской империи Константинопольского Патриаршего престола, права которого на Востоке не оспаривались никем, кроме латинян, стало важнейшим фактором в дальнейшем росте влияния Никейской империи в православном мире и её превращения в главную силу сопротивления византийцев крестоносной экспансии. Взаимоотношения государства и церкви в Никейской империи не претерпели радикальных перемен по сравнению с предшествующей, византийской эпохой Комнинов и Ангелов. Вместе с тем наметились новые тенденции. В период медленного подъёма Никейской империи, в 1210–1240 гг., исследователи видят реализацию теснейшего союза императоров и патриаршего Синода. Нависшие над византийским обществом угрозы заставляли и светскую, и духовную власть искать взаимной поддержки и действовать осторожно, во всём считаясь с интересами друг друга. Синод Константинопольской церкви в Никейской империи более откровенно, чем раньше, готов был признавать главенствующую роль императора во многих делах, касавшихся защиты веры, прежде всего, в кадровой политике. Так, в 1216 г., после смерти патриарха Феодора II Ириника, Синод в Никее во главе с митрополитом Николаем Месаритом предоставил императору Феодору I Ласкарю право избрать нового патриарха самостоятельно, без соборных процедур. Церковь активно поддерживала императорскую власть в стремлении ограничивать влияние клановой борьбы и интересов местных светских феодалов на политические процессы.